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Le Microbiote Intestinal joue un rôle crucial dans de multiples processus biologiques, tels que la digestion des aliments, l'absorption des nutriments, le métabolisme, la régulation du système immunitaire et la prévention des maladies. C'est pourquoi il fait l'objet d'un intérêt croissant de la part de la recherche scientifique, car ses implications pour la Santé humaine sont profondes et complexes. 

Dans ce contexte, les professionnels positionnés en tant qu'experts du Microbiote Intestinal sont très précieux, et ce Certificat avancé est une option académique parfaite pour les pharmaciens. Il vise à fournir une formation spécialisée et actualisée sur ces microbes et leurs fonctions, ainsi que sur les maladies liées à leur déséquilibre, telles que les maladies inflammatoires de l'intestin ou divers troubles digestifs.

Les étudiants apprendront l'anatomie et la physiologie du tractus gastro-intestinal, la caractérisation des différents groupes microbiens présents dans le Microbiote Intestinal, l'interaction entre le Microbiote et le système immunitaire, l'influence de l'alimentation et des facteurs environnementaux.

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La conception de ce programme est axée sur l'Apprentissage par les Problèmes, grâce auquel le professionnel doit essayer de résoudre les différentes situations de la pratique professionnelle qui se présentent tout au long du programme. Pour ce faire, l’étudiant sera assisté d'un innovant système de vidéos interactives, créé par des experts reconnus.

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Module 1. Microbiote. Microbiome. Métagénomique

1.1. Définition et relation entre Microbiote, Microbiome et Métagénomique
1.2. Composition du Microbiote: genres, espèces et souches

1.2.1. Groupes de micro-organismes qui interagissent avec l'espèce humaine : Bactéries, Champignons, Virus et Protozoaires
1.2.2. Concepts clés: symbiose, commensalisme, mutualisme, parasitisme
1.2.3. Microbiote autochtone

1.3. Différentes Microbiotes Humains. Généralités concernant leur eubiose et leur dysbiose

1.3.1. Microbiote Gastro-intestinal 
1.3.2. Microbiote Oral 
1.3.3. Microbiote de la Peau 
1.3.4. Microbiote des Voies Respiratoires 
1.3.5. Microbiote des Voies Urinaires 
1.3.6. Microbiote de l'appareil reproducteur

1.4. Facteurs influençant l'équilibre et le déséquilibre du Microbiote

1.4.1. Régime alimentaire et mode de vie. Axe intestin-cerveau 
1.4.2. Antibiothérapie 
1.4.3. Interaction Épigénétique-Microbiote Perturbateurs endocriniens 
1.4.4. Probiotiques, Prébiotiques, Symbiotiques. Concepts et généralités 
1.4.5. Transplantation fécale, avancées récentes

Module 2. Microbiote Intestinal I. Homéostasie intestinale

2.1. Études du Microbiote intestinal

2.1.1. Projets MetaHIT, Meta-Biomed, MyNewGut, Human Microbiome Project

2.2. Composition du Microbiote

2.2.1. Microbiote protecteur (Lactobacillus, Bifidobacterium, Bacteroides) 
2.2.2. Microbiote immunomodulateur (Enterococcus faecalis et Escherichia coli) 
2.2.3. Microbiote muconutritif ou mucoprotecteur (Faecalibacterium prausnitzii et Akkermansia muciniphila)
2.2.4. Microbiote ayant des activités protéolytiques ou pro-inflammatoires (E. coli Biovare, Clostridium, Proteus, Pseudomonas, Enterobacter, Citrobacter, Klebsiella, Desulfovibrio, Bilophila) 
2.2.5. Microbiote fongique (Candida, Geotrichum)

2.3. Physiologie du tube digestif. Composition du microbiote dans les différentes parties du tube digestif. La flore résidente et la flore transitoire ou colonisatrice. Zones stériles du tube digestif

2.3.1. Microbiote œsophagien

2.3.1.1. Individus sains
2.3.1.2. Patients (reflux gastrique, œsophage de Barrett, etc.)

2.3.2. Microbiote gastrique

2.3.2.1. Individus sains 
2.3.2.2. Patients (ulcère gastrique, cancer gastrique, MALT, etc.)

2.3.3. Microbiote de la vésicule biliaire

2.3.3.1. Individus sains 
2.3.3.2. Patients (cholécystite, cholélithiase, etc.)

2.3.4. Microbiote de l’intestin grêle

2.3.4.1. Individus sains 
2.3.4.2. Patients (maladies inflammatoires de l'intestin, syndrome de l'intestin irritable, etc.)

2.3.5. Microbiote du côlon

2.3.5.1. Personnes en bonne santé Entérotypes 
2.3.5.2. Patients (maladies inflammatoires de l'intestin, maladie de Crohn, carcinome du côlon, appendicite, etc.)

2.4. Fonctions du Microbiote Intestinal: Métabolique. Nutritionnel et trophique. Protection et barrière Immunitaires

2.4.1. Interrelations entre le Microbiote intestinal et les organes distants (cerveau, poumon, cœur, foie, pancréas, etc.)

2.5. Muqueuse intestinale et Système immunitaire de la muqueuse

2.5.1. Anatomie, caractéristiques et fonctions (Système MALT, GALT et BALT)

2.6. Qu'est-ce que l'Homéostasie intestinale ? Quel est le rôle des bactéries dans l'Homéostasie intestinale

2.6.1. Effets sur la digestion et la nutrition 
2.6.2. Stimulation des défenses empêchant la colonisation par des micro-organismes pathogènes 
2.6.3. Production de vitamines des groupes B et K 
2.6.4. Production d'acides gras à chaîne courte (butyrique, propionique, acétique, etc.) 
2.6.5. Production de gaz (méthane, dioxyde de carbone, hydrogène moléculaire). Propriétés et fonctions 
2.6.6. L’acide lactique

Module 3. Microbiote intestinal II. Dysbiose intestinale

3.1. Qu'est-ce que la Dysbiose intestinale ? Conséquences
3.2. La barrière intestinale. La physiologie. Fonction. Perméabilité intestinale et hyperperméabilité intestinale. Relation entre la Dysbiose intestinale et l'Hyperperméabilité intestinale
3.3. Relation entre la Dysbiose intestinale et d'autres types de troubles: immunologiques, métaboliques, neurologiques et gastriques (Helicobacter Pylori)
3.4. Conséquences de l'altération de l'écosystème intestinal et sa relation avec les Troubles Digestifs Fonctionnels

3.4.1. Maladie inflammatoire de intestin (IBD) 
3.4.2. Maladies inflammatoires chroniques de l'intestin: la maladie de Crohn Colite ulcéreuse 
3.4.3. Syndrome de l'intestin irritable (SII) et Diverticulose 
3.4.4. Troubles de la motilité intestinale. Diarrhée Diarrhée causée par Clostridium difficile. Constipation 
3.4.5. Troubles digestifs et problèmes de malabsorption des nutriments: glucides, protéines et lipides 
3.4.6. Marqueurs de l'inflammation intestinale : Calprotectine. Protéine éosinophile (Epx). Lactoferrine. Lysozyme 
3.4.7. Le syndrome de l'intestin grêle. Marqueurs de perméabilité: Alpha 1 Antitrypsine. Zonulin. Les Tight Juntions et leur principale fonction

3.5. Altération de l'écosystème intestinal et sa relation avec les infections intestinales

3.5.1. Infections intestinales virales
3.5.2. Infections intestinales bactériennes 
3.5.3. Infections intestinales parasitaires 
3.5.4. Infections fongiques intestinales. Candidose intestinale

3.6. Composition du Microbiote Intestinal à différentes étapes de la vie

3.6.1. Variation de la composition du Microbiote intestinal entre la période néonatale, la petite enfance et l'adolescence. "Stade instable"
3.6.2. Composition du Microbiote Intestinal à différentes étapes de la vie. "Stade instable’’ 
3.6.3. Composition du Microbiote intestinal chez la personne âgée. "Étape instable". Vieillissement et Microbiote

3.7. Modulation nutritionnelle de la dysbiose et de l'hyperperméabilité intestinales : Glutamine, Zinc, Vitamines, Probiotiques, Prébiotiques
3.8. Techniques d'analyse quantitative des microorganismes dans les fèces
3.9. Lignes de recherche actuelles

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