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La Microbiota experimenta cambios como consecuencia de la influencia de múltiples factores, entre los que se encuentra la dieta, el estilo de vida o los tratamientos farmacológicos, que generan alteraciones en ese ecosistema bacteriano. Esta interacción anómala que el organismo podría tener con ella se relaciona con determinados procesos: alérgicos, enfermedades intestinales agudas y crónicas, obesidad y síndrome metabólico, enfermedades neurológicas, dermatitis y otras alteraciones en la dermis e incluso algunos tipos de cáncer. Es, por tanto, habitual que tras determinadas dolencias o patologías que presentan se encuentre un desajuste en el equilibrio de la Microbiota Humana.

Los grandes laboratorios y centros de investigación han potenciado las líneas de investigación en este sentido, así como la creación de Probióticos y Prebióticos cada vez más efectivos y precisos aplicados para la prevención y como tratamiento de algunas patologías. Un momento álgido en el estudio y avance sobre la Microbiota Humana, al que no puede estar ajeno el profesional de la Fisioterapia.  

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Módulo 1. Microbiota. Microbioma. Metagenómica 

1.1. Definición y relación entre ellas 
1.2. Composición de la Microbiota: géneros, especies y cepas 

1.2.1. Grupos de microorganismos que interaccionan con la especie humana: Bacterias, Hongos, Virus y Protozoos 
1.2.2. Conceptos clave: Simbiosis, comensalismo, mutualismo, parasitismo 
1.2.3. Microbiota autóctona  

1.3. Diferentes Microbiotas humanas. Generalidades en cuanto a su Eubiosis y disbiosis 

1.3.1. Microbiota Gastrointestinal 
1.3.2. Microbiota Oral 
1.3.3. Microbiota de la Piel 
1.3.4. Microbiota del Tracto Respiratorio 
1.3.5. Microbiota del Tracto Urinario 
1.3.6. Microbiota del Aparato Reproductor 

1.4. Factores que influyen en el equilibrio y desequilibrio de la Microbiota 

1.4.1. Dieta y estilo de vida. Eje intestino-cerebro 
1.4.2. Antibióticoterapia 
1.4.3. Interacción Epigenética-Microbiota. Disruptores endocrinos 
1.4.4. Probióticos, Prebióticos, Simbióticos. Conceptos y generalidades 
1.4.5. Trasplante fecal, últimos avances 

Módulo 2. Microbiota intestinal I. Homeostasis intestinal 

2.1. Estudios de la Microbiota intestinal 

2.1.1. Proyectos Metahit, Meta-Biome, MyNewGut, Human Microbiome Project 

2.2. Composición de la microbiota 

2.2.1. Microbiota protectora (Lactobacillus, Bifidobacterium, Bacteroides) 
2.2.2. Microbiota inmunomoduladora (Enterococcus faecalis y Escherichia coli) 
2.2.3. Microbiota muconutritiva o mucoprotectora (Faecalibacterium prausnitzii y Akkermansia muciniphila) 
2.2.4. Microbiota con actividades proteolítica o proinflamatoria (E. coli biovare, Clostridium, Proteus, Pseudomonas, Enterobacter, Citrobacter, Klebsiella, Desulfovibrio, Bilophila) 
2.2.5. Microbiota fúngica (Candida, Geotrichum) 

2.3. Fisiología del aparato digestivo. Composición de la Microbiota en las diferentes partes del tubo digestivo. Flora residente y flora transitoria o colonizante. Zonas estériles en el tracto digestivo 

2.3.1. Microbiota esofágica 

2.3.1.1. Individuos sanos 
2.3.1.2. Pacientes (reflujo gástrico, esófago de Barrett, etc.) 

2.3.2. Microbiota gástrica 

2.3.2.1. Individuos sanos 
2.3.2.2. Pacientes (úlcera gástrica, cáncer gástrico, MALT, etc.) 

2.3.3. Microbiota de la vesícula biliar 

2.3.3.1. Individuos sanos 
2.3.3.2. Pacientes (colecistitis, colelitiasis, etc.) 

2.3.4. Microbiota del intestino delgado 

2.3.4.1. Individuos sanos 
2.3.4.2. Pacientes (enfermedad inflamatoria intestinal, Síndrome de Intestino Irritable, etc.) 

2.3.5. Microbiota del colon 

2.3.5.1. Individuos sanos. Enterotipos 
2.3.5.2. Pacientes (enfermedad inflamatoria intestinal, enfermedad de Crohn, carcinoma de colon, apendicitis, etc.) 

2.4. Funciones de la Microbiota intestinal: metabólicas. Nutritivas y tróficas. Protectoras y de barrera Inmunitarias 

2.4.1. Interrelaciones entre la Microbiota intestinal y órganos alejados (cerebro, pulmón, corazón, hígado, páncreas, etc.) 

2.5. Mucosa intestinal y sistema inmunitario de la mucosa 

2.5.1. Anatomía, características y funciones (sistema MALT, GALT y BALT) 

2.6. ¿Qué es la Homeostasis intestinal? Papel de las Bacterias en la Homeostasis intestinal 

2.6.1. Efectos sobre la digestión y la nutrición 
2.6.2. Estimulación de las defensas, dificultar la colonización por microorganismos patógenos 
2.6.3. Producción de vitaminas de los grupos B y K 
2.6.4. Producción de ácidos grasos de cadena corta (butírico, propiónico, acético, etc.) 
2.6.5. Producción de gases (metano, dióxido de carbono, hidrógeno molecular). Propiedades y funciones 
2.6.6. El ácido láctico 

Módulo 3. Microbiota intestinal II. Disbiosis intestinal 

3.1. ¿Qué es la Disbiosis intestinal? Consecuencias 
3.2. La barrera intestinal. Fisiología. Función. Permeabilidad intestinal e Hiperpermeabilidad intestinal. Relación entre Disbiosis intestinal e Hiperpermeabilidad intestinal 
3.3. Relación de la Disbiosis intestinal y otros tipos de desórdenes: inmunológicos, metabólicos, neurológicos y gástricos (Helicobacter pylori) 
3.4. Consecuencias de la alteración del ecosistema intestinal y su relación con los Trastornos Funcionales Digestivos 

3.4.1. Enfermedad inflamatoria intestinal IBD 
3.4.2. Enfermedades inflamatorias crónicas intestinales: enfermedad de Crohn. Colitis ulcerosa 
3.4.3. Síndrome de Intestino Irritable IBS y diveticulosis 
3.4.4. Trastornos de la motilidad intestinal. Diarrea. Diarrea provocada por Clostridium difficile. Estreñimiento 
3.4.5. Trastornos digestivos y problemas de malabsorción de nutrientes: hidratos de carbono, proteínas y grasas 
3.4.6. Marcadores de inflamación intestinal: Calprotectina. Proteína eosinofílica (Epx). Lactoferrina. Lisozima 
3.4.7. Síndrome del intestino permeable. Marcadores de permeabilidad: Alfa 1 Antitripsina. Zonulina. Las Tight Junctions y su función principal 

3.5.  Alteración del ecosistema intestinal y su relación con las Infecciones intestinales 

3.5.1. Infecciones intestinales víricas 
3.5.2. Infecciones intestinales bacterianas 
3.5.3. Infecciones intestinales por parásitos 
3.5.4. Infecciones intestinales por Hongos. Candidiasis intestinal 

3.6. Composición de la Microbiota intestinal en las diferentes etapas de la vida 

3.6.1. Variación de la composición de la Microbiota intestinal desde la etapa neonatal-niñez temprana hasta la adolescencia. “Etapa inestable”  
3.6.2. Composición de la Microbiota intestinal en la etapa adulta. “Etapa estable” 
3.6.3. Composición de la Microbiota intestinal en el anciano. “Etapa inestable”. Envejecimiento y Microbiota 

3.7. Modulación nutricional de la Disbiosis intestinal y la Hiperpermeabilidad: Glutamina, Zinc, Vitaminas, Probióticos, Prebióticos 
3.8. Técnicas de análisis cuantitativas en heces de microorganismos 
3.9. Líneas de investigación actuales 

Módulo 4. Microbiota en Neonatología y Pediatría 

4.1. Simbiosis madre-hijo 
4.2. Factores influyentes en la Microbiota intestinal de la madre en la etapa gestacional y en el momento del parto. Influencia del tipo de parto en la Microbiota del neonato 
4.3. Tipo de lactancia y duración de la misma, influencia sobre la Microbiota del bebé 

4.3.1. Leche materna: composición de la Microbiota de la leche materna. Importancia de la lactancia materna en la Microbiota del neonato 
4.3.2. Lactancia artificial. Empleo de Probióticos y Prebióticos en fórmulas lácteas infantiles 

4.4. Aplicaciones clínicas de los Probióticos y Prebióticos en el paciente pediátrico 

4.4.1. Patologías digestivas: Trastornos Funcionales Digestivos, Diarreas, Enterocolitis necrosante. Intolerancias 
4.4.2. Patologías no digestivas: respiratorias y ORL, enfermedades atópicas, metabólicas. Alergias 

4.5. Influencia del tratamiento con antibióticos y otros psicotrópicos en la Microbiota del bebé 
4.6. Líneas de investigación actuales 

Módulo 5. Microbiota oral y tracto respiratorio 

5.1. Estructura y ecosistemas orales 

5.1.1. Principales ecosistemas orales 
5.1.2. Puntos clave 

5.2. Principales ecosistemas que se diferencian en la cavidad oral. Características y composición de cada uno de ellos. Fosas nasales, nasofaringe y orofaringe 

5.2.1. Características anatómicas e histológicas de la cavidad oral 
5.2.2. Fosas nasales 
5.2.3. Nasofaringe y orofaringe  

5.3. Alteraciones del ecosistema microbiano oral: Disbiosis oral. Relación con diferentes estados de enfermedad oral 

5.3.1. Características de la Microbiota oral 
5.3.2. Enfermedades orales 
5.3.3. Medidas recomendables para reducir procesos disbióticos 

5.4. Influencia de agentes externos en la Eubiosis y Disbiosis oral. Higiene 

5.4.1. Influencia de agentes externos en la Eubiosis y disbiosis 
5.4.2. Simbiosis y Disbiosis oral 
5.4.3. Factores predisponentes a Disbiosis oral 

5.5. Estructura del tracto respiratorio y composición de la Microbiota y Microbioma

5.5.1. Vías respiratorias superiores 
5.5.2. Vías respiratorias inferiores 

5.6. Factores que regulan la Microbiota respiratoria 

5.6.1. Metagenómica 
5.6.2. Hipótesis de la higiene 
5.6.3. Viroma 
5.6.4. Microbioma o fungioma 
5.6.5. Probióticos en asma bronquial 
5.6.6. Dieta 
5.6.7. Prebióticos 
5.6.8. Traslocación bacteriana 

5.7. Alteración de la Microbiota del tracto respiratorio y su relación con las diferentes enfermedades del mismo 

5.7.1. Patogenia y clínica de las infecciones de las vías respiratorias altas 
5.7.2. Patogenia y clínica de las infecciones de las vías respiratorias bajas 

5.8. Manipulación terapéutica del Microbioma de la cavidad oral en prevención y tratamiento de enfermedades relacionadas con él 

5.8.1. Definición de probiótico, prebiótico y simbiótico 
5.8.2. Aplicación de Probióticos en la cavidad oral 
5.8.3. Cepas de Probióticos usados en boca 
5.8.4. Acción en relación con enfermedades bucales 

5.9. Manipulación terapéutica del Microbioma del tracto respiratorio en prevención y tratamiento de enfermedades relacionadas con él 

5.9.1. Eficacia de los Probióticos para el tratamiento de la enfermedad de las vías respiratorias: eje GI-Respiratorio 
5.9.2. Uso de Probióticos para el tratamiento de la rinosinusitis 
5.9.3. Uso de Probióticos para el tratamiento de la otitis 
5.9.4. Uso de Probióticos para el tratamiento de las infecciones respiratorias altas
5.9.5. Uso de Probióticos en rinitis y asma bronquial alérgica 
5.9.6. Probióticos para prevenir infecciones en el tracto respiratorio inferior 
5.9.7. Estudios con lactobacilos 
5.9.8. Estudios con bifidobacterias 

5.10. Líneas de investigación actuales y aplicaciones clínicas 

5.10.1. Transferencia de material fecal 
5.10.2. Extracción de ácidos nucleicos 
5.10.3. Método de secuenciación  
5.10.4. Estrategias para la caracterización de la Microbiota 
5.10.5. Metataxonomía 
5.10.6. Metataxonomía de la fracción activa 
5.10.7. Metagenómica 
5.10.8. Metabolómica 

Módulo 6. Microbiota y sistema inmunitario 

6.1.   Fisiología del sistema inmunitario 

6.1.1. Componentes del sistema inmunitario 

6.1.1.1. Tejido Linfoide 
6.1.1.2. Células Inmunitarias 
6.1.1.3. Sistemas Químicos 

6.1.2. Órganos que intervienen en la inmunidad 

6.1.2.1. Órganos primarios 
6.1.2.2. Órganos secundarios  

6.1.3. Inmunidad innata, inespecífica o natural  
6.1.4. Inmunidad adquirida, adaptativa o específica 

6.2.   Nutrición y estilo de vida 
6.3.   Alimentos funcionales (Probióticos y Prebióticos), nutraceúticos y sistema inmune 

6.3.1. Probióticos, Prebióticos y Simbióticos  
6.3.2. Nutraceúticos y alimentos funcionales 

6.4.   Relación bidireccional entre Microbiota y sistema neuroinmunoendocrino 
6.5.   Microbiota, inmunidad y trastornos del sistema nervioso 
6.6.   Eje Microbiota-intestino-cerebro 
6.7.   Líneas de investigación actuales 

Módulo 7. Microbiota de la piel 

7.1. Fisiología de la piel 

7.1.1. Estructura de la piel: epidermis, dermis e hipodermis 
7.1.2. Funciones de la piel 
7.1.3. Composición microbiana de la piel 

7.2. Factores que regulan el tipo de flora bacteriana en la piel 

7.2.1. Glándulas sudoríparas, glándulas sebáceas, descamación 
7.2.2. Factores que alteran la ecología de la piel y su Microbiota 

7.3. Sistema Inmunitario Cutáneo. Epidermis, elemento esencial de nuestras defensas  

7.3.1. Epidermis, elemento esencial de nuestras defensas 
7.3.2. Elementos del Sistema Inmunitario Cutáneo: Citosinas, Queratinocitos, Células Dendríticas, Linfocitos, Péptidos Antimicrobianos 
7.3.3. Influencia de la Microbiota cutánea en el sistema inmunitario de la piel. Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus 

7.4. Alteración de la Microbiota normal cutánea (Disbiosis) y alteración de la función barrera  

7.4.1. Alteración de la función barrera 

7.5. Patologías cutáneas desencadenadas 

7.5.1. Psoriasis (Streptococcus pyogenes) 
7.5.2. Acne Vulgaris 
7.5.3. Dermatitis atópica 
7.5.4. Rosácea 

7.6. Influencia del uso de los Probióticos en la prevención y tratamiento de las diferentes enfermedades de la piel 
7.7. Líneas de investigación actuales 

Módulo 8. Microbiota del tracto genitourinario 

8.1. Fisiología del tracto genitourinario en hombres y mujeres 
8.2. Microorganismos causantes de las infecciones genitourinarias 

8.2.1.  Bacterias entéricas, generalmente Bacterias aerobias gramnegativas: E. coli, enterobacterias: Klebsiella o Proteus mirabilis o Pseudomonas aeruginosa 
8.2.2.  Bacterias grampositivas: Staphylococcus saprophyticus, etc. 

8.3. Microbiota vaginal y su modificación con la edad 

8.3.1. Edad infantil 
8.3.2. Edad fértil 
8.3.3. Edad adulta (menopausia) 

8.4. Alteración de la Homeostasis vaginal y su relación con patologías infecciosas 

8.4.1. Vaginitis infecciosas 

8.4.1.1. Clamidiasis 
8.4.1.2. Vaginosis bacteriana 
8.4.1.3. Candidiasis vaginal 
8.4.1.4. Vaginitis tricomoniasis 
8.4.1.5. Vaginitis viral 

8.4.2. Vaginitis no infecciosas 

8.5. Probióticos en la prevención de las principales infecciones del tracto genitourinario  
8.6. Líneas de investigación actuales 

Módulo 9. Relación intolerancias/alergias y microbiota 

9.1. Cambios en la Microbiota en pacientes con dietas de exclusión de alimentos 

9.1.1. Esofagitis Eosinofílica (EEo) 

9.2. Cambios en la Microbiota en pacientes con dietas de exclusión de alimentos: intolerancia a los lácteos (lactosa, proteínas lácteas: caseínas, albúminas, otros) 

9.2.1. Intolerantes a la lactosa 
9.2.2. Intolerantes a las proteínas lácteas: caseínas, albúminas, etc. 
9.2.3. Alérgicos a la leche 

9.3. Alteración y recuperación de la Microbiota intestinal en pacientes con intolerancia al gluten y Celiaquía 

9.3.1. Alteración de la Microbiota intestinal en pacientes con intolerancia al gluten 
9.3.2. Alteración de la Microbiota intestinal en paciente celíaco 
9.3.3. Papel de los Probióticos y Prebióticos en la recuperación de la Microbiota en intolerantes al gluten y en celíacos 

9.4. Microbiota y aminas biógenas 
9.5. Líneas de investigación actuales 

Módulo 10. Probióticos, Prebióticos, Microbiota y salud 

10.1. Probióticos 
10.2. Prebióticos 
10.3. Aplicaciones clínicas de Probióticos y Prebióticos en Gastroenterología 
10.4. Aplicaciones clínicas de Endocrinología y trastornos cardiovasculares 
10.5. Aplicaciones clínicas de Probióticos y Prebióticos en Urología  
10.6. Aplicaciones clínicas de Probióticos y Prebióticos en Ginecología 
10.7. Aplicaciones clínicas de Probióticos y Prebióticos en Inmunología 
10.8. Aplicaciones clínicas de Probióticos y Prebióticos en enfermedades nutricionales 
10.9. Aplicaciones clínicas de Probióticos y Prebióticos en enfermedades neurológicas 
10.10. Aplicaciones clínicas de Probióticos y Prebióticos en pacientes críticamente enfermos 
10.11. Productos lácteos como fuente natural de Probióticos y Prebióticos 
10.12. Seguridad y legislación en el empleo de Probióticos 

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