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Les maladies infectieuses sont toujours les principales causes de mortalité et d'invalidité  (perte d'années de vie productive) dans le monde. En 2016, sur un total de 56,4 millions de décès dans le monde, 33% étaient dus à des maladies infectieuses, 30% à des maladies cardiovasculaires et 10% à des cancers. La lutte contre les maladies aura deux fronts simultanés: les maladies infectieuses et les maladies chroniques non transmissibles. 

Si l'on regarde les chiffres, parmi les 17,3 millions de personnes décédées d'une infection en 2016, les causes de décès les plus fréquentes étaient les infections des voies respiratoires inférieures (3,7 millions), le paludisme (2,2 millions), la tuberculose (1,3 million), la diarrhée (1,4 million) et l'infection par le  HIV/SIDA (1,1 million). Les facteurs les plus importants à prendre en compte en ce qui concerne les maladies infectieuses sont la démographie et le comportement humains, le développement technologique et industriel, le développement économique et les variations de l'utilisation des sols, les voyages et les échanges intercontinentaux, les changements climatiques, l'adaptation microbienne elle-même et, enfin, la disparition ou la réduction de certaines mesures de santé publique efficaces. 

Ces facteurs, qui interagissent les uns avec les autres, signifient qu'aucune partie du globe ne doit être considérée comme isolée du reste du monde, et que l'émergence, la réémergence ou la propagation de maladies infectieuses importées ou apparemment éradiquées ne doivent pas être considérée comme impossible.  

La situation épidémiologique internationale complexe de ce siècle, qui est illustrée par la dissémination délibérée de spores de Bacillus Anthracis comme arme de bioterrorisme et afin de provoquer l'anthrax pulmonaire chez les victimes qui les inhalent; l'émergence du virus du Nil Occidental en tant qu'agent pathogène aux États-Unis; l'épidémie du Syndrome Respiratoire Aigu Sévère (SRAS); la propagation zoonotique de la Variole du Singe aux États-Unis, la menace d'une pandémie de Grippe, l'épidémie d'Ebola en Afrique, l'apparition de cas de fièvre jaune en Angola, combinée à la réémergence de la Dengue et du Choléra; l'émergence de nouvelles arboviroses dans la région des Amériques, tels que le Chikungunya et plus récemment le Zika, auxquels s'ajoute la morbidité due à d'autres maladies infectieuses endémiques, telles que le VIH/SIDA, la Leptospirose, la Tuberculose, la Pneumonie communautaire et l'augmentation de la résistance aux antibiotiques avec le développement de bactéries multirésistantes. Tous ces éléments mettent en évidence la nécessité sans précédent, de perfectionner le processus de spécialisation et d'amélioration du capital humain, afin d'accroître la compétence et les performances de tout le personnel nécessaire pour relever les défis du contrôle et de la gestion des urgences biologiques, hospitalières et de santé publique qui garantissent la qualité et la sécurité des soins de santé pour la population dans n'importe où dans le monde.

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Module 1. Diagnostic microbiologique et autres tests pour les maladies infectieuses

1.1. Organisation, structure et fonctionnement du laboratoire de microbiologie

1.1.1. Organisation et structure du laboratoire de microbiologie
1.1.2. Fonctionnement d'un laboratoire de microbiologie

1.2. Principes d'utilisation des examens microbiologiques chez les patients atteints de pathologies infectieuses Le processus d'échantillonnage

1.2.1. Le rôle des études microbiologiques dans le diagnostic des maladies infectieuses
1.2.2. Le processus de collecte des échantillons microbiologiques: étapes pré-analytiques, analytiques et post-analytiques
1.2.3. Exigences d'échantillonnage pour les principales études microbiologiques utilisées dans la pratique clinique quotidienne: études du sang, de l'urine, des selles,de la salive

1.3. Études virologiques

1.3.1. Les types de virus et leurs caractéristiques générales
1.3.2. Caractéristiques générales des études virologiques
1.3.3. Culture virale
1.3.4. Études du génome viral
1.3.5. Études sur les antigènes et les anticorps contre les virus

1.4. Études bactériologiques

1.4.1. Classification des bactéries
1.4.2. Caractéristiques générales des études bactériologiques
1.4.3. Colorants pour l'identification des bactéries
1.4.4. L'étude des antigènes bactériens
1.4.5. Méthodes de culture: générales et spécifiques
1.4.6. Bactéries nécessitant des méthodes d'étude spéciales

1.5. Études mycologiques

1.5.1. Classification des champignons
1.5.2. Principales études mycologiques

1.6. Études parasitologiques

1.6.1. Classification des parasites
1.6.2. Études sur les protozoaires
1.6.3. Études sur les helminthes

1.7. Interprétation correcte des études microbiologiques

1.7.1. Relation entre la microbiologie clinique et l'interprétation des études microbiologiques

1.8. Lecture interprétée de l'antibiogramme

1.8.1. Interprétation traditionnelle de l'antibiogramme en relation avec la sensibilité aux antimicrobiens et la résistance aux antimicrobiens
1.8.2. Lecture interprétée de l'antibiogramme: paradigme actuel

1.9. Utilité de la carte microbienne d'une institution

1.9.1. Quelle est la carte microbienne d'une institution?
1.9.2. Applicabilité clinique de la carte microbienne

1.10. Biosécurité

1.10.1. Définitions conceptuelles de la biosécurité
1.10.2. Pertinence de la biosécurité pour les services de santé
1.10.3. Mesures de précaution universelles
1.10.4. Gestion des déchets biologiques dans un établissement de soins de santé

1.11. Le laboratoire clinique dans l'étude des maladies infectieuses

1.11.1. Réacteurs de phase aiguë
1.11.2. Études de la fonction hépatique, du milieu interne, de la coagulation et de la fonction rénale dans le sepsis
1.11.3. L'étude des fluides inflammatoires dans le diagnostic des infections
1.11.4. Biomarqueurs, utilité en pratique clinique

1.12. Études d'imagerie pour le diagnostic de la pathologie infectieuse

1.12.1. Le rôle des études d'imagerie chez les patients atteints de maladies infectieuses
1.12.2. Le rôle de l'échographie dans l'évaluation complète du patient atteint de sepsis

1.13. Le rôle des études génétiques immunologiques

1.13.1. Études des maladies génétiques et de leur prédisposition aux maladies infectieuses
1.13.2. Études immunologiques chez les patients immunodéprimés

1.13.2.1. Utilité des études d'anatomie pathologique

1.13.3. Modifications des études cytologiques en fonction du type d'agent biologique
1.13.4. La nécropsie et son importance dans la mortalité infectieuse

1.14. Évaluation de la gravité des maladies infectieuses

1.14.1. Échelles de pronostic dans la prise en charge des patients atteints de maladies infectieuses basées sur des études de laboratoire et des éléments cliniques
1.14.2. SOFA, utilité actuelle: Les composantes du SOFA, ce qu'il mesure Utilité pour l'évaluation des patients
1.14.3. Principales complications des maladies infectieuses

1.15. Campagne Mondiale contre la Sepsis

1.15.1. Émergence et évolution
1.15.2. Objectifs
1.15.3. Recommandations et impacts

1.16. Bioterrorisme

1.16.1. Principaux agents infectieux utilisés pour le bioterrorisme
1.16.2. Réglementation internationale sur la manipulation des spécimens biologiques

Module 2. Maladies bactériennes et antimicrobiens

2.1. Principes de la bactériologie

2.1.1. Concepts fondamentaux d'utilisation en bactériologie
2.1.2. Principales bactéries gram-positives et leurs maladies
2.1.3. Principales bactéries gram-négatives et leurs maladies

2.2. Infections bactériennes de la peau

2.2.1. Folliculite
2.2.2. Furonculose
2.2.3. Anthrax
2.2.4. Abcès superficiels
2.2.5. Erysipèle

2.3. Pneumonie acquise dans la communauté

2.3.1. Épidémiologie
2.3.2. Étiologie
2.3.3. Tableau clinique
2.3.4. Diagnostic
2.3.5. Échelles de pronostic
2.3.6. Traitement

2.4. Tuberculose

2.4.1. Épidémiologie
2.4.2. Étiopathogénie
2.4.3. Manifestations cliniques
2.4.4. Classification
2.4.5. Diagnostic
2.4.6. Traitement

2.5. Infections urinaires et gynécologiques chez la femme

2.5.1. Classification
2.5.2. Étiologie
2.5.3. Tableau clinique
2.5.4. Diagnostic
2.5.5. Traitement

2.6. Méningite bactérienne

2.6.1. Immunologie de l'espace sous-arachnoïdien
2.6.2. Étiologie
2.6.3. Tableau clinique et complications
2.6.4. Diagnostic
2.6.5. Traitement

2.7. Infections ostéo-articulaires

2.7.1. Arthrite septique
2.7.2. Ostéomyélite
2.7.3. Myosite infectieuse

2.8. Infections entériques et intra-abdominales

2.8.1. Gastro-entérite aiguë
2.8.2. Entérocolite aiguë
2.8.3. Péritonite primaire
2.8.4. Péritonite secondaire

2.9. Zoonoses

2.9.1. Concept
2.9.2. Épidémiologie
2.9.3. Principales zoonoses
2.9.4. Leptospirose

2.10. Antimicrobiens

2.10.1. Concepts généraux
2.10.2. Classification
2.10.3. Mécanismes d'action des antimicrobiens

2.11. Les bêta-lactames: Pénicillines et Inhibiteurs de bêta-lactamase

2.11.1. Structure du cycle bêta-lactame
2.11.2. Pénicillines: classification, mécanismes d'action, spectre antimicrobien, pharmacocinétique, pharmacodynamique, posologie et présentation
2.11.3. Bêta-lactamases: types et action sur les bêta-lactamines
2.11.4. Principaux inhibiteurs de bêta-lactamase
2.11.5. Utilisations et indications thérapeutiques
2.11.6. Céphalosporines
2.11.7. Monobactames
2.11.8. Carbapénèmes

2.12. Aminoglycosides, Tétracyclines et Glycopeptides

2.12.1. Aminoglycosides: classification, mécanismes d'action, spectre antimicrobien, pharmacocinétique, pharmacodynamique, posologie et présentation
2.12.2. Tétracyclines: classification, mécanismes d'action, spectre antimicrobien, pharmacocinétique, pharmacodynamique, posologie et présentation
2.12.3. Glycopeptides: classification, mécanismes d'action, spectre antimicrobien, pharmacocinétique, pharmacodynamique, dosage et présentation

2.13. Lincosamines: Rifamycines, Antifolates

2.13.1. Lincosamines: classification, mécanismes d'action, spectre antimicrobien, pharmacocinétique, pharmacodynamique, posologie et présentation
2.13.2. Rifampacines: classification, mécanismes d'action, spectre antimicrobien, pharmacocinétique, pharmacodynamique, posologie et présentation
2.13.3. Antifolates: classification, mécanismes d'action, spectre antimicrobien, pharmacocinétique, pharmacodynamique, posologie et présentation

2.14. Quinolones, Macrolides et Cétolides

2.14.1. Quinolones: classification, mécanismes d'action, spectre antimicrobien, pharmacocinétique, pharmacodynamique, posologie et présentation
2.14.2. Marcolides: classification, mécanismes d'action, spectre antimicrobien, pharmacocinétique, pharmacodynamique, posologie et présentation
2.14.3. Cétolides: classification, mécanismes d'action, spectre antimicrobien, pharmacocinétique, pharmacodynamique, posologie et présentation

2.15. Nouveaux antibiotiques dans les infections à Gram positif (lipopeptides et oxazolidinones)

2.15.1. Lipopeptides
2.15.2. Oxazolidinones

Module 3. Maladies fongiques

3.1. Introduction à la mycologie et aux infections fongiques superficielles

3.1.1. Concepts généraux utilisés en mycologie
3.1.2. Caractéristiques fondamentales des champignons pathogènes
3.1.3. Infections fongiques superficielles: Epidermatophytose Tinea corporis Tinea capitis

3.2. Infections fongiques profondes

3.2.1. Mycoses profondes les plus courantes
3.2.2. Principales manifestations cliniques des mycoses profondes

3.3. Cryptococcose

3.3.1. Épidémiologie
3.3.2. Agent étiologique
3.3.3. Pathogénie
3.3.4. Tableau clinique
3.3.5. Complications
3.3.6. Diagnostic
3.3.7. Traitement

3.4. Histoplasmose

3.4.1. Épidémiologie
3.4.2. Agent étiologique
3.4.3. Pathogénie
3.4.4. Tableau clinique
3.4.5. Complications
3.4.6. Diagnostic
3.4.7. Traitement

3.5. Aspergillose

3.5.1. Épidémiologie
3.5.2. Agent étiologique
3.5.3. Pathogénie
3.5.4. Tableau clinique
3.5.5. Complications
3.5.6. Diagnostic
3.5.7. Traitement

3.6. Candidose systémique

3.6.1. Épidémiologie
3.6.2. Agent étiologique
3.6.3. Pathogénie
3.6.4. Tableau clinique
3.6.5. Complications
3.6.6. Diagnostic
3.6.7. Traitement

3.7. Coccidioidomycose

3.7.1. Épidémiologie
3.7.2. Agent étiologique
3.7.3. Pathogénie
3.7.4. Tableau clinique
3.7.5. Complications
3.7.6. Diagnostic
3.7.7. Traitement

3.8. Blastomycose

3.8.1. Épidémiologie
3.8.2. Agent étiologique
3.8.3. Pathogénie
3.8.4. Tableau clinique
3.8.5. Complications
3.8.6. Diagnostic
3.8.7. Traitement

3.9. Sporotrichose

3.9.1. Épidémiologie
3.9.2. Agent étiologique
3.9.3. Pathogénie
3.9.4. Tableau clinique
3.9.5. Complications
3.9.6. Diagnostic
3.9.7. Traitement

Module 4. Maladies parasitaires et tropicales

4.1. Introduction a la parasitologie

4.1.1. Concepts généraux utilisés en parasitologie
4.1.2. Épidémiologie des principales parasitoses et maladies tropicales
4.1.3. Classification des parasites
4.1.4. Maladies tropicales et syndrome de la fièvre sous les tropiques

4.2. Paludisme

4.2.1. Épidémiologie
4.2.2. Agent étiologique
4.2.3. Pathogénie
4.2.4. Tableau clinique
4.2.5. Complications
4.2.6. Diagnostic
4.2.7. Traitement

4.3. Maladies intestinales à protozoaires

4.3.1. Principaux protozoaires intestinaux
4.3.2. Diagnostic des protozoaires intestinaux
4.3.3. Amibiose et giardiose

4.4. Maladies filariennes

4.4.1. Épidémiologie et situation mondiale
4.4.2. Syndromes cliniques
4.4.3. Principales filaires: Wuchereria bancrofti, Brugia malayi, Brugia timori, Onchocerca volvulus, Loa loa, Mansonella perstans, Mansonella streptocerca et Mansonella ozzardi

4.5. Leishmaniose

4.5.1. Leishmaniose cutanée
4.5.2. Leishmaniose profonde

4.6. Trypanosomiase

4.6.1. Trypanosomiase africaine
4.6.2. Trypanosomiase américaine

4.7. Schistosomiase

4.7.1. Schistosoma haematobium
4.7.2. Schistosoma mansoni
4.7.3. Schistosoma japonicum
4.7.4. Schistosoma intercalatum

4.8. Parasitisme intestinal

4.8.1. Épidémiologie
4.8.2. Ascaridiose
4.8.3. Oxyuriosis
4.8.4. Ancylostomiase et nécatoriose
4.8.5. Trichuriosis

4.9. Infections à taeniasis

4.9.1. Taeniasis intestinale
4.9.2. Taeniasis tissulaire

4.10. Antiparasitaires

4.10.1. Concepts généraux
4.10.2. Principales définitions utilisées dans la gestion des vermifuges
4.10.3. Classifications: Classifications utilisées par structure chimique, mécanisme d'action ou action antiparasitaires
4.10.4. Mécanismes d'action

4.11. Antiprotozoaires

4.11.1. Classification
4.11.2. Mécanismes d'action
4.11.3. Spectre antiparasitaire
4.11.4. Pharmacocinétique et pharmacodynamique
4.11.5. Dosage et présentation

4.12. Antiparasitaires pour helminthes

4.12.1. Classification
4.12.2. Mécanismes d'action
4.12.3. Spectre antiparasitaire
4.12.4. Pharmacocinétique et pharmacodynamique
4.12.5. Dosage et présentation

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