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Module 1. Techniques instrumentales dans le laboratoire clinique 

1.1. Techniques instrumentales d'analyse clinique 

1.1.1. Introduction  
1.1.2. Concepts Fondamentaux  
1.1.3. Classification des méthodes instrumentales  

1.1.3.1. Méthodes classiques  
1.1.3.2. Méthodes Instrumentales  

1.1.4. Préparation des réactifs, solutions, tampons et contrôles 
1.1.5. Étalonnage de l'équipement  

1.1.5.1. Importance de l'étalonnage 
1.1.5.2. Méthodes d'étalonnage  

1.1.6. Processus d'analyse clinique  

1.1.6.1. Raisons de demander une analyse clinique  
1.1.6.2. Étapes du processus d'essai  
1.1.6.3. Préparation du patient et prélèvement d'échantillons  

1.2. Techniques microscopiques en analyse clinique 

1.2.1. Introduction et concepts 
1.2.2. Type de microscopes 

1.2.2.1. Microscopes optiques 
1.2.2.2. Microscopes électroniques 

1.2.3. Lentilles, lumière et formation d'images 
1.2.4. Fonctionnement et entretien du microscope à lumière visible 

1.2.4.1. Manipulation et propriétés 
1.2.4.2. Maintenance  
1.2.4.3. Incidents d'observation 
1.2.4.4. Application en analyse clinique  

1.2.5. Autres microscopes Caractéristiques et manipulation  

1.2.5.1. Microscope à fond noir 
1.2.5.2. Microscope à lumière polarisée  
1.2.5.3. Microscope à interférence  
1.2.5.4. Microscope inversé  
1.2.5.5. Microscope à lumière ultraviolette  
1.2.5.6. Microscope à fluorescence 
1.2.5.7. Microscope électronique  

1.3. Techniques microbiologiques en analyse clinique 

1.3.1. Introduction et concepts 
1.3.2. Conception et normes de travail des laboratoires de microbiologie clinique  

1.3.2.1. Normes et besoins en ressources 
1.3.2.2. Routines et procédures de laboratoire  
1.3.2.3. Stérilité et contamination  

1.3.3. Techniques de culture cellulaire 

1.3.3.1. Moyens de culture  

1.3.4. Procédures d'extension et de coloration les plus couramment utilisées en microbiologie clinique 

1.3.4.1. Reconnaissance bactérienne 
1.3.4.2. Cytologie 
1.3.4.3. Autres procédures

1.3.5. Autres méthodes d'analyse microbiologique  

1.3.5.1. Examen microscopique direct Identification de la flore normale et pathogène  
1.3.5.2. Identification par des tests biochimiques 
1.3.5.3. Tests immunologiques rapides 

1.4. Techniques volumétriques, gravimétriques, électrochimiques et de titrage 

1.4.1. Volumétrie Introduction et concept 

1.4.1.1. Classification des méthodes  
1.4.1.2. Procédure de laboratoire pour la réalisation de la volumétrie  

1.4.2. Gravimétrie  

1.4.2.1. Introduction et concept 
1.4.2.2. Classification des méthodes gravimétriques 
1.4.2.3. Procédure de laboratoire pour effectuer une gravimétrie  

1.4.3. Techniques électrochimiques  

1.4.3.1. Introduction et concept  
1.4.3.2. Potentiométrie  
1.4.3.3. Ampérométrie 
1.4.3.4. Coulométrie 
1.4.3.5. Conductimétrie  
1.4.3.6. Applications en analyse clinique  

1.4.4. Évaluations 

1.4.4.1. Acide-base 
1.4.4.2. Précipitations  
1.4.4.3. Formation complexe  
1.4.4.4. Applications en analyse clinique  

1.5. Techniques spectrales en analyse clinique 

1.5.1. Introduction et concepts  

1.5.1.1. Le rayonnement électromagnétique et son interaction avec la matière 
1.5.1.2. Absorption et émission de rayonnement  

1.5.2. Spectrophotométrie Application en analyse clinique 

1.5.2.1. Instrumentation  
1.5.2.2. Procédure   

1.5.3. Spectrophotométrie d'absorption atomique  
1.5.4. Photométrie d'émission de flamme  
1.5.5. Fluorimétrie  
1.5.6. Néphélométrie et turbidimétrie  
1.5.7. Spectrométrie de masse et de réflectance 

1.5.7.1. Instrumentation  
1.5.7.2. Procédure 

1.5.8. Applications des techniques spectrales les plus courantes actuellement utilisées en analyse clinique  

1.6. Techniques d'immuno-essais dans l'analyse clinique  

1.6.1. Introduction et concepts  

1.6.1.1. Concepts immunologiques  
1.6.1.2. Types d'immuno-essais 
1.6.1.3. Réactivité croisée et antigène 
1.6.1.4. Molécules de détection  
1.6.1.5. Quantification et sensibilité analytique 

1.6.2. Techniques immunohistochimiques  

1.6.2.1. Concept 
1.6.2.2. Procédure immunohistochimique  

1.6.3. Technique immunohistochimique enzymatique 

1.6.3.1. Concept et procédure 

1.6.4. Immunofluorescence 

1.6.4.1. Concepts et classification  
1.6.4.2. Procédure d'immunofluorescence 

1.6.5. Autres méthodes de dosage immunologique  

1.6.5.1. Immunofélométrie 
1.6.5.2. Immunodiffusion radiale  
1.6.5.3. Immunoturbidimétrie 

1.7. Techniques de séparation en analyse clinique Chromatographie et Électrophorèse   

1.7.1. Introduction et concepts 
1.7.2. Techniques chromatographiques 

1.7.2.1. Principes, concepts et classification 
1.7.2.2. Chromatographie gaz-liquide Concepts et procédure  
1.7.2.3. Chromatographie liquide à haute performance Concepts et procédure  
1.7.2.4. Chromatographie sur couche mince 
1.7.2.5. Applications en analyse clinique 

1.7.3. Techniques d'électrophorèse  

1.7.3.1. Introduction et concepts  
1.7.3.2. Instrumentation et procédure  
1.7.3.3. Objectif et champ d'application de l'analyse clinique  
1.7.3.4. Électrophorèse capillaire  

1.7.3.4.1. Electrophorèse des protéines dans le sérum 

1.7.4. Techniques hybrides: Masses ICP, masses de gaz et masses de liquide 

1.8. Techniques de biologie moléculaire dans l'analyse clinique 

1.8.1. Introduction et concepts 
1.8.2. Technique d'extraction de l'ADN et de l'ARN 

1.8.2.1. Procédure et stockage  

1.8.3. Réaction en chaîne par polymérase PCR 

1.8.3.1. Concept et fondement 
1.8.3.2. Instrumentation et procédures 
1.8.3.3. Modifications de la méthode PCR 

1.8.4. Techniques d'hybridation 
1.8.5. Séquençage 
1.8.6. Analyse des protéines par transfert de type Western  
1.8.7. Protéomique et génomique 

1.8.7.1. Concepts et procédures d'analyse clinique 
1.8.7.2. Types d'études protéomiques 
1.8.7.3. Bioinformatique et protéomique  
1.8.7.4. Métabolomique 
1.8.7.5. Pertinence en biomédecine  

1.9. Techniques de détermination des éléments formés Cytométrie de flux. Analyse au chevet du patient  

1.9.1. Numération des globules rouges  

1.9.1.1. Nombre de cellules Procédure  
1.9.1.2. Pathologies diagnostiquées avec cette méthodologie  

1.9.2. Numération des leucocytes 

1.9.2.1. Procédure  
1.9.2.2. Pathologies diagnostiquées par cette méthodologie 

1.9.3. Cytométrie en flux 

1.9.3.1. Introduction et concepts 
1.9.3.2. Procédure de la technique  
1.9.3.3. Applications de la cytométrie en analyse clinique  

1.9.3.3.1. Applications en onco-hématologie 
1.9.3.3.2. Applications dans le domaine des allergies 
1.9.3.3.3. Applications dans le domaine de l'infertilité 

1.9.4. Tests au chevet du patient 

1.9.4.1. Concept 
1.9.4.2. Types de spécimens 
1.9.4.3. Techniques utilisées 
1.9.4.4. Applications d'analyse au chevet du patient les plus couramment utilisées 

1.10. Interprétation des résultats, évaluation des méthodes d'analyse et des interférences analytiques  

1.10.1. Rapport de laboratoire 

1.10.1.1. Concept  
1.10.1.2. Éléments caractéristiques du rapport de laboratoire 
1.10.1.3. Interprétation du rapport 

1.10.2. Évaluation des méthodes analytiques en analyse clinique  

1.10.2.1. Concepts et objectifs 
1.10.2.2. Linéarité 
1.10.2.3. Véracité 
1.10.2.4. Précision 

1.10.3. Interférences analytiques 

1.10.3.1. Concept, justification et classification 
1.10.3.2. Interférents Endogènes 
1.10.3.3. Interférents Exogènes 
1.10.3.4. Procédures de détection et de quantification d'une interférence dans une méthode ou une analyse spécifique 

Module 2. Biochimie II 

2.1. Troubles congénitaux du métabolisme des glucides 

2.1.1. Perturbations de la digestion et de l'absorption intestinales des glucides 
2.1.2. Troubles du métabolisme du galactose 
2.1.3. Altérations du métabolisme du fructose 
2.1.4. Altération du métabolisme du glycogène 

2.1.4.1. Glycogénose: types 

2.2. Perturbations congénitales du métabolisme des acides aminés 

2.2.1. Troubles du métabolisme des acides aminés aromatiques 

2.2.1.1. Phénylcétonurie 
2.2.1.2. Acidurie glutarique de type 1 

2.2.2. Troubles du métabolisme des acides aminés ramifiés 

2.2.2.1. Maladie urinaire du sirop d'érable 
2.2.2.2. Acidémie isovalérique 

2.2.3. Perturbations du métabolisme des acides aminés soufrés 

2.2.3.1. Homocystinurie 

2.3. Perturbations congénitales du métabolisme des lipides 

2.3.1. Bêta-oxydation des acides gras

2.3.1.1. Introduction à la bêta-oxydation des acides gras  
2.3.1.2. Altération de la bêta-oxydation des acides gras

2.3.2. Cycle de la carnitine 

2.3.2.1. Introduction au cycle de la carnitine 
2.3.2.2. Perturbations du cycle de la carnitine 

2.4. Troubles du cycle de l'urée 

2.4.1. Le cycle de l'urée 
2.4.2. Perturbations génétiques du cycle de l'urée 

2.4.2.1. Déficit en ornithine transcarbamylase (OTC) 
2.4.2.2. Autres troubles du cycle de l'urée 

2.4.3. Diagnostic et traitement des maladies du cycle de l'urée 

2.5. Pathologies moléculaires des bases nucléotidiques. Troubles du métabolisme des purines et des pyrimidines 

2.5.1. Introduction au métabolisme des purines et des pyrimidines 
2.5.2. Troubles du métabolisme des purines 
2.5.3. Troubles du métabolisme des pyrimidines 
2.5.4. Diagnostic des troubles des purines et des pyrimidines 

2.6. Porphyries. Altérations de la synthèse des groupes hémiques 

2.6.1. Synthèse du groupe hème 
2.6.2. Porphyries: types 

2.6.2.1. Porphyries hépatiques 

2.6.2.1.1. Porphyries aiguës 

2.6.2.2. Porphyries hématopoïétiques 

2.6.3. Diagnostic et traitement des porphyries 

2.7. Icterus Perturbations du métabolisme de la bilirubine 

2.7.1. Introduction au métabolisme de la bilirubine 
2.7.2. Ictère congénital 

2.7.2.1. Hyperbilirubinémie non conjuguée 
2.7.2.2. Hyperbilirubinémie conjuguée 

2.7.3. Diagnostic et traitement de la jaunisse 

2.8. Phosphorylation oxydative 

2.8.1. Mitochondries 

2.8.1.1. Enzymes mitochondriales et protéines mitochondriales 

2.8.2. Chaîne de transport électronique 

2.8.2.1. Transporteurs électroniques 
2.8.2.2. Complexes électroniques 

2.8.3. Couplage du transport électronique à la synthèse de l'ATP 

2.8.3.1. ATP synthase 
2.8.3.2. Agents découplant la phosphorylation oxydative 

2.8.4. Lanceurs de NADH 

2.9. Troubles mitochondriaux 

2.9.1. Héritage maternel 
2.9.2. Hétéroplasie et homoplasmie 
2.9.3. Maladies mitochondriales 

2.9.3.1. Neuropathie optique héréditaire de Leber 
2.9.3.2. La maladie de Leigh 
2.9.3.3. Syndrome de MELAS 
2.9.3.4. Épilepsie myoclonique à fibres rouges déchiquetées (MERRF) 

2.9.4. Diagnostic et traitement des maladies mitochondriales 

2.10. Autres troubles causés par des altérations d'autres organites 

2.10.1. Lysosomes 

2.10.1.1 Maladies Lysosomales 

2.10.1.1.1. Sphingolipidose 
2.10.1.1.2. Mucopolysaccharidose 

2.10.2. Peroxysomes 

2.10.2.1. Maladies lysosomales 

2.10.2.1.1. Syndrome de Zellweger 

2.10.3. Appareil de Golgi 

2.10.3.1. Maladies de l'appareil de Golgi 

2.10.3.1.1. Mucolipidose II 

Module 3. Génétique 

3.1. Introduction à la génétique médicale Généalogies et modèles d'hérédité  

3.1.1. Développement historique de la génétique Concepts clés 
3.1.2. Structure des gènes et régulation de leur expression Épigénétique 
3.1.3. La variabilité génétique Mutation et réparation de l'ADN 
3.1.4. La génétique humaine Organisation du génome humain 
3.1.5. Les maladies génétiques Morbidité et mortalité 
3.1.6. L'hérédité humaine Concept de génotype et de phénotype 

3.1.6.1. Modèles d'hérédité mendélienne 
3.1.6.2. Héritage multigénique et mitochondrial 

3.1.7. Construction de pedigrees 

3.1.7.1. Estimation des fréquences alléliques, génotypiques et phénotypiques
3.1.7.2 Analyse de la ségrégation 

3.1.8. Autres facteurs affectant le phénotype 

3.2. Techniques de biologie moléculaire utilisées en génétique 

3.2.1. Génétique et diagnostic moléculaire 
3.2.2. La réaction en chaîne par polymérase (PCR) appliquée au diagnostic et à la recherche en génétique 

3.2.2.1. Détection et amplification de séquences spécifiques  
3.2.2.2. Quantification de l'acide nucléique (RT-PCR) 

3.2.3. Techniques de clonage : isolement, restriction et ligature des fragments d'ADN 
3.2.4. Détection de mutations et mesure de la variabilité génétique: RFLP, VNTR, SNPs 
3.2.5. Techniques de séquençage massif. NGS 
3.2.6. La transgénèse. Thérapie génique 
3.2.7. Techniques cytogénétiques 

3.2.8.1. Bandes chromosomiques 
3.2.8.2. FISH, CGH 

3.3. Cytogénétique humaine Anomalies chromosomiques numériques et structurelles 

3.3.1. Étude de la cytogénétique humaine Caractéristiques 
3.3.2. Caractérisation des chromosomes et nomenclature cytogénétique 

3.3.2.1. Analyse chromosomique: Caryotypage 

3.3.3. Anomalies du nombre de chromosomes 

3.3.3.1. Polyploïdie 
3.3.3.2. Anéuploïdie 

3.3.4. Altérations chromosomiques structurelles Dosage des gènes 

3.3.4.1. Suppressions 
3.3.4.2. Duplications 
3.3.4.3. Inversions 
3.3.4.4. Translocations 

3.3.5. Polymorphismes chromosomiques 
3.3.6. Empreinte génétique 

3.4. Diagnostic prénatal des altérations génétiques et des anomalies congénitales Diagnostic génétique préimplantatoire 

3.4.1. Diagnostic prénatal. En quoi consiste-t-il? 
3.4.2. Incidence des anomalies congénitales 
3.4.3. Indications pour le diagnostic prénatal 
3.4.4. Méthodes de diagnostic prénatal 

3.4.2.1. Procédures non invasives: Dépistage au cours du premier et du deuxième trimestre TPNI 
3.4.2.2. Procédures invasives: Amniocentèse, cordocentèse et biopsie chorionique 

3.4.5. Diagnostic génétique préimplantatoire Indications 
3.4.6. Biopsie d'embryon et analyse génétique 

3.5. Maladies génétiques I 

3.5.1. Maladies à transmission autosomique dominante 

3.5.1.1. Achondroplasie 
3.5.1.2. La maladie de Huntington 
3.5.1.3. Rétinoblastome 
3.5.1.4. La maladie de Charcot-Marie-Tooth 

3.5.2. Maladies à transmission autosomique récessive 

3.5.2.1. Phénylcétonurie 
3.5.2.2. Anémie drépanocytaire 
3.5.2.3. Mucoviscidose 
3.5.2.4. Le syndrome de Laron

3.5.3. Maladies à hérédité liée au sexe 

3.5.3.1. Le syndrome de Rett 
3.5.3.2. Hémophilie 
3.5.3.3. Dystrophie musculaire de Duchenne 

3.6. Maladies génétiques II 

3.6.1. Maladies de l'hérédité Mitochondriales 

3.6.1.1. Encéphalomyopathies mitochondriales 
3.6.1.2. Neuropathie optique héréditaire de Leber (LHON) 

3.6.2. Phénomènes d'anticipation génétique 

3.6.2.1. La maladie de Huntington 
3.6.2.2. Le syndrome du X fragile 
3.6.2.3. Ataxies spinocérébelleuses 

3.6.3. Hétérogénéité allélique 

3.6.3.1. Syndrome d’Usher 

3.7. Génétique des maladies complexes. Base moléculaire du cancer sporadique et familial 

3.7.1. Héritage multifactoriel 

3.7.1.1. Polygénésie 

3.7.2. Contribution des facteurs environnementaux aux maladies complexes 
3.7.3. Génétique quantitative 

3.7.3.1 Héritabilité 

3.7.4. Maladies complexes courantes 

3.7.4.1. Diabète sucré 
3.7.4.2. Alzheimer 

3.7.5. Maladies comportementales et traits de personnalité: alcoolisme, autisme et schizophrénie 
3.7.6. Cancer: base moléculaire et facteurs environnementaux 

3.7.6.1. Génétique des processus de prolifération et de différenciation cellulaires. Cycle cellulaire 
3.7.6.2. Gènes de réparation de l'ADN, oncogènes et gènes suppresseurs de tumeurs 
3.7.6.3. Influence de l'environnement sur l'apparition du cancer 

3.7.7. Cancer familial 

3.8 Génomique et Protéomique 

3.8.1. Sciences omiques et leur utilité en médecine 
3.8.2. Analyse et séquençage du génome 

3.8.2.1. Bibliothèques d'ADN 

3.8.3. Génomique comparative 

3.8.3.1. Organismes modèles 
3.8.3.2. Comparaison des séquences 
3.8.3.3. Projet du génome humain 

3.8.4. Génomique fonctionnelle 

3.8.4.1. Transcriptomique 
3.8.4.2. Organisation structurelle et fonctionnelle du génome 
3.8.4.3. Éléments génomiques fonctionnels 

3.8.5. Du génome au protéome 

3.8.5.1. Modifications post-traductionnelles 

3.8.5. Stratégies de séparation et de purification des protéines  
3.8.6. Identification des protéines 
3.8.8. Interactome 

3.9. Le conseil génétique Aspects éthiques et juridiques du diagnostic et de la recherche en génétique 

3.9.1. Le conseil génétique Concepts et principes techniques fondamentaux 

3.9.1.1. Risque de récurrence des maladies d'origine génétique 
3.9.1.2. Le conseil génétique dans le diagnostic prénatal 
3.9.1.3. Principes éthiques du conseil génétique 

3.9.2. Législation sur les nouvelles technologies génétiques 

3.9.2.1. Génie génétique 
3.9.2.2. Clonage humain 
3.9.2.3. Thérapie génique 

3.9.3. Bioéthique et génétique 

3.10. Biobanques et outils bioinformatiques 

3.10.1. Biobanques Concept et fonctions 
3.10.2. Organisation, gestion et qualité des biobanques 
3.10.3. Réseau Espagnol de Biobanques 
3.10.4. Biologie computationnelle 
3.10.5. Big data et apprentissage automatique 
3.10.6. Applications de la bioinformatique en biomédecine 

3.10.6.1. Analyse des séquences 
3.10.6.2. Analyse d'image 
3.10.6.2. Médecine personnalisée et de précision

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