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Module 1. Microbiote. Microbiome. Métagénomique

1.1. Définition et relation entre Microbiote, Microbiome et Métagénomique 
1.2. Composition du Microbiote: genres, espèces et souches 
1.3. Différentes Microbiotes Humains. Généralités concernant leur eubiose et leur dysbiose 

1.3.1. Microbiote Gastro-intestinal 
1.3.2. Microbiote Oral 
1.3.3. Microbiote de la Peau 
1.3.4. Microbiote des Voies Respiratoires 
1.3.5. Microbiote des Voies Urinaires 
1.3.6. Microbiote de l'appareil reproducteur 

1.4. Facteurs influençant l'équilibre et le déséquilibre du Microbiote 

1.4.1. Régime alimentaire et mode de vie. Axe intestin-cerveau 
1.4.2. Antibiothérapie 
1.4.3. Interaction Épigénétique-Microbiote. Perturbateurs endocriniens 
1.4.4. Probiotiques, Prébiotiques, Symbiotiques. Concepts et généralités 
1.4.5. Transplantation fécale, avancées récentes 

Module 2. Microbiote intestinal I. Homéostasie intestinale 

2.1. Études du microbiote intestinal 

2.1.1. Projets MetaHIT, Meta-Biomed, MyNewGut, Human Microbiome Project 

2.2. Composition du microbiote 

2.2.1. Microbiote protecteur (Lactobacillus, Bifidobacterium, Bacteroides) 
2.2.2. Microbiote immunomodulateur (Enterococcus faecalis et Escherichia coli) 
2.2.3. Microbiote muconutritif ou mucoprotecteur (Faecalibacterium prausnitzii et Akkermansia muciniphila) 
2.2.4. Microbiote ayant des activités protéolytiques ou pro-inflammatoires (E. coli Biovare, Clostridium, Proteus, Pseudomonas, Enterobacter, Citrobacter, Klebsiella, Desulfovibrio, Bilophila) 
2.2.5. Microbiote fongique (Candida, Geotrichum) 

2.3. Physiologie du tube digestif. Composition du microbiote dans les différentes parties du tube digestif. La flore résidente et la flore transitoire ou colonisatrice. Zones stériles du tube digestif 

2.3.1. Microbiote œsophagien 

2.3.1.1. Individus sains 
2.3.1.2. Patients (reflux gastrique, œsophage de Barrett, etc.) 

2.3.2. Microbiote gastrique 

2.3.2.1. Individus sains 
2.3.2.2. Patients (ulcère gastrique, cancer gastrique, MALT, etc.) 

2.3.3. Microbiote de la vésicule biliaire 

2.3.3.1. Individus sains 
2.3.3.2. Patients (cholécystite, cholélithiase, etc.) 

2.3.4. Microbiote de l’intestin grêle 

2.3.4.1. Individus sains 
2.3.4.2. Patients (maladies inflammatoires de l'intestin, syndrome de l'intestin irritable, etc.) 

2.3.5. Microbiote du côlon 

2.3.5.1. Personnes en bonne santé Entérotypes 
2.3.5.2. Patients (maladies inflammatoires de l'intestin, maladie de Crohn, carcinome du côlon, appendicite, etc.) 

2.4. Fonctions du microbiote intestinal Métabolique. Nutritionnel et trophique. Protecteur et barrière. Immunitaires

2.4.1. Interrelations entre le microbiote intestinal et les organes distants (cerveau, poumon, cœur, foie, pancréas, etc.) 

2.5. Muqueuse intestinale et Système immunitaire de la muqueuse 

2.5.1. Anatomie, caractéristiques et fonctions (système MALT, GALT et BALT) 

2.6. Qu'est-ce que l'Homéostasie intestinale? Rôle des bactéries dans l'homéostasie intestinale 

2.6.1. Effets sur la digestion et la nutrition 
2.6.2. Stimulation des défenses empêchant la colonisation par des micro-organismes pathogènes 
2.6.3. Production de vitamines des groupes B et K 
2.6.4. Production d'acides gras à chaîne courte (butyrique, propionique, acétique, etc.) 
2.6.5. Production de gaz (méthane, dioxyde de carbone, hydrogène moléculaire). Prorpiétes et fonctions 
2.6.6. L’acide lactique 

Module 3. Microbiote intestinal II. Dysbiose intestinale

3.1. Qu'est-ce que la dysbiose intestinale? Conséquences 
3.2. La barrière intestinale. La physiologie. Fonction. Perméabilité intestinale et hyperperméabilité intestinale. Relation entre la Dysbiose intestinale et l'Hyperperméabilité intestinale 
3.3. Relation entre la Dysbiose intestinale et d'autres types de troubles: immunologiques, métaboliques, neurologiques et gastriques (Helicobacter Pylori) 
3.4. Conséquences de l'altération de l'écosystème intestinal et sa relation avec les Troubles Digestifs Fonctionnels 

3.4.1. Maladie inflammatoire de intestin (IBD) 
3.4.2. Maladies inflammatoires chroniques de l'intestin: la maladie de Crohn Colite ulcéreuse 
3.4.3. Syndrome de l'intestin irritable (SII) et Diverticulose 
3.4.4. Troubles de la motilité intestinale. Diarrhée Diarrhée causée par Clostridium difficile. Constipation 
3.4.5. Troubles digestifs et problèmes de malabsorption des nutriments: glucides, protéines et lipides 
3.4.6. Marqueurs de l'inflammation intestinale: Calprotectine. Protéine éosinophile (Epx). Lactoferrine. Lysozyme 
3.4.7. Le syndrome de l'intestin grêle. Marqueurs de perméabilité: Alpha 1 Antitrypsine. Zonulin. Les Tight Juntions et leur principale fonction 

3.5. Altération de l'écosystème intestinal et sa relation avec les infections intestinales 

3.5.1. Infections intestinales virales 
3.5.2. Infections intestinales bactériennes 
3.5.3. Infections intestinales parasitaires 
3.5.4. Infections fongiques intestinales. Candidose intestinale 

3.6. Composition du Microbiote Intestinal à différentes étapes de la vie 

3.6.1. Composition du Microbiote Intestinal à différentes étapes de la vie. "Stade instable’’ 
3.6.2. Composition du Microbiote intestinal chez la personne âgée "Stade instable" Vieillissement et Microbiote 
3.6.3. Variation de la composition du Microbiote intestinal entre la période néonatale, la petite enfance et l'adolescence. "Stade instable" 

3.7. Modulation nutritionnelle de la dysbiose et de l'hyperperméabilité intestinales: Glutamine, Zinc, Vitamines, Probiotiques, Prébiotiques 
3.8. Techniques d'analyse quantitative des microorganismes dans les fèces 
3.9. Lignes de recherche actuelles: 

Module 4. Microbiote en néonatologie et en pédiatrie

4.1. La symbiose mère-enfant 
4.2. Facteurs d'influence sur le Microbiote intestinal de la mère au stade de la gestation et au moment de l'accouchement. Influence du type d'accouchement sur le Microbiote du nouveau-né 
4.3. Type d'allaitement et sa durée, influence sur le Microbiote du nourrisson 

4.3.1. Lait maternel: composition du Microbiote du lait maternel. Importance de l'allaitement maternel sur le Microbiote du nouveau-né 
4.3.2. Alimentation artificielle Utilisation de Probiotiques et de Prébiotiques dans les préparations lactées pour nourrissons 

4.4. Applications cliniques des Probiotiques et Prébiotiques chez le patient pédiatrique 

4.4.1. Pathologies digestives: troubles digestifs fonctionnels, diarrhée, entérocolite nécrosante. Intolérances 
4.4.2. Pathologies non digestives: Respiratoires et ORL, maladies atopiques, maladies métaboliques. Allergies 

4.5. Influence du traitement par antibiotiques et autres psychotropes sur le microbiote du nourrisson 
4.6. Lignes de recherche actuelles: 

Module 5. Microbiote oral et voies respiratoires

5.1. Structure et écosystèmes oraux 

5.1.1. Les principaux écosystèmes qui se différencient dans la cavité buccale. Caractéristiques et composition de chacun d'entre eux. cavités nasales, nasopharynx et oropharynx 

5.2. Altérations de l'écosystème microbien oral: Dysbiose orale. Relation avec différents états de pathologie orale 

5.2.1. Caries 
5.2.2. Halitose 
5.2.3. Maladies parodontales, gingivales 
5.2.4. Maladies péri-implantaires 
5.2.5. Autres maladies infectieuses: Candida Albicans 

5.3. Influence des agents externes dans l'eubiose et la dysbiose orale. Hygiène 
5.4. Structure de l’appareil respiratoire et composition du Microbiote et du Microbiome  

5.4.1. Appareil respiratoire supérieur (nasopharynx, oreille moyenne, sinus, amygdales) 
5.4.2. Voies respiratoires inférieures (trachée, poumons, bronches, bronchioles et alvéoles) 

5.5. Facteurs régulant le microbiote respiratoire 

5.5.1. Immigration microbienne 
5.5.2. Clairance microbienne et taux de reproduction de ses membres 

5.6. Altération du Microbiote de l’appareil respiratoire et sa relation avec différentes maladies de cet appareil 
5.7. Manipulation thérapeutique du microbiome de la cavité buccale dans la prévention et le traitement des maladies qui lui sont liées 
5.8. Manipulation thérapeutique du microbiome de l’appareil respiratoire dans la prévention et le traitement des maladies qui lui sont liées 
5.9. Lignes de recherche actuelles et applications cliniques 

Module 6. Microbiote et système immunitaire

6.1. Physiologie du système immunitaire: Qu'est-ce que l'immunité? 

6.1.1. Les composants du système Immunitaire 

6.1.1.1. Tissu Lymphoïde
6.1.1.2. Les cellules Immunitaires
6.1.1.3. Systèmes Chimiques

6.2. Organes impliqués dans l'immunité 

6.2.1. Organes primaires
6.2.2. Organes secondaires

6.3. Immunité innée, non spécifique ou naturelle 
6.4. Immunité acquise, adaptative ou spécifique 
6.5. La nutrition et le mode de vie et leur interaction avec le système immunitaire et le Microbiote 
6.6. Les aliments fonctionnels et leur action sur le système immunitaire 

6.6.1. Probiotiques, prébiotiques et symbiotiques 
6.6.2. Nutraceutiques et aliments fonctionnels 

6.7. Relation bidirectionnelle entre le Microbiote et le système Neuro-immuno-endocrinien 
6.8. Microbiote, Immunité et Troubles du Système Nerveux: anxiété, dépression, autisme, schizophrénie ou maladie d'Alzheimer 
6.9. Axe Microbiote-Intestin-Cerveau 
6.10. Lignes de recherche actuelles: 
6.11. Microbiote, Immunité et Troubles du Système Nerveux: anxiété, dépression, autisme, schizophrénie ou maladie d'Alzheimer 
6.12. Axe Microbiote-Intestin-Cerveau 
6.13. Lignes de recherche actuelles: 

Module 7. Microbiote de la peau

7.1. Physiologie de la peau 

7.1.1. Structure de la peau: épiderme, derme et hypoderme 
7.1.2. Fonctions de la peau 
7.1.3. Composition microbienne de la peau 

7.2. Facteurs régulant le type de flore bactérienne de la peau 

7.2.1. Glandes sudoripares, glandes sébacées, desquamation 
7.2.2. Facteurs modifiant l'écologie de la peau et de son microbiote 

7.3. Système immunitaire cutané 

7.3.1. Épiderme: élément essentiel de nos défenses 
7.3.2. Éléments du système immunitaire cutané: Cytokines, Kératinocytes, Cellules dendritiques, Lymphocytes, Peptides antimicrobiens 
7.3.3. Influence du Microbiote cutané sur le système immunitaire de la peau. Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus 

7.4. Altération du microbiote normal de la peau (dysbiose) 

7.4.1. Altération de la fonction de barrière 

7.5. Pathologies cutanées déclenchées 

7.5.1. Psoriasis (streptococcus pyogenes) 
7.5.2. Acné vulgaire 
7.5.3. Dermatite atopique 
7.5.4. Rosacée 

7.6. Influence de l'utilisation de Probiotiques dans la prévention et le traitement de différentes maladies de la peau 
7.7. Lignes de recherche actuelles: 

Module 8. Microbiote des voies génito-urinaire

8.1. Physiologie du tractus génito-urinaire et composition microbienne 

8.1.1. Chez les hommes 
8.1.2. Chez les femmes 

8.2. Micro-organismes à l'origine des infections des voies urinaires: les uropathogènes. Relation avec l'altération du microbiote chez les hommes et les femmes 

8.2.1. Bactéries entériques, généralement des bactéries aérobies gram-négatives: E. Coli, entérobactéries: Klebsiella ou Proteus mirabilis ou Pseudomonas aeruginosa 
8.2.2 Bactéries à Gram positif: Staphylococcus saprophyticus, etc

8.3. Microbiote vaginal et sa modification avec l'âge 

8.3.1. L’Âge du nourrisson
8.3.2. Âge fertile 
8.3.3. Âge adulte (ménopause) 

8.4. Altération de l'homéostasie vaginale et sa relation avec les pathologies infectieuses 

8.4.1. Vaginite infectieuse: 

8.4.1.1.Clamidiasis: 
8.4.1.2. Vaginose bactérienne 
8.4.1.3. Candidose vaginale 
8.4.1.4. Trichomonase vaginite 
8.4.1.5. Vaginite infectieuse 

8.4.2. Vaginite non infectieuse 

8.5. Les probiotiques dans la prévention des principales infections de l'appareil génito-urinaire: UTI (cystite/urétrite), Prostatite, Pyélonéphrite, Infections vaginales et infertilité 
8.6. Lignes de recherche actuelles: 

Module 9. Relation entre les intolérances/allergies et le microbiote 

9.1. Modifications du microbiote chez les patients soumis à un régime d'exclusion alimentaire 

9.1.1. Œsophagite éosinophile (OeE) 

9.2. Modifications du microbiote chez les patients soumis à un régime d'exclusion alimentaire: intolérance aux produits laitiers 

9.2.1. Intolérants au lactose 
9.2.2. Intolérants aux protéines laitières: caséines, albumines, etc
9.2.3. Allergiques au lait 

9.3. Modifications du microbiote chez les patients soumis à un régime d'exclusion alimentaire: Gluten 

9.3.1. Altération du microbiote intestinal chez les patients présentant une intolérance au gluten 
9.3.2. Altération du microbiote intestinal chez les patients cœliaques 
9.3.3. Rôle des probiotiques et des prébiotiques dans le rétablissement du microbiote chez les patients intolérants au gluten et cœliaques 

9.4. Microbiote et Amines Biogènes 
9.5. Lignes de recherche actuelles: 

Module 10. Probiotiques, prébiotiques, microbiote et santé

10.1. Les probiotiques: définition, historique, mécanismes d'action 
10.2. Prébiotiques: définition, types de prébiotiques (amidon, inuline, oligosaccharides FOS), mécanismes d'action 
10.3. Applications cliniques des Probiotiques et Prébiotiques en Gastro-entérologie 
10.4. Applications cliniques en Endocrinologie et dans les troubles cardiovasculaires 
10.5. Applications cliniques des Probiotiques et Prébiotiques en Urologie 
10.6. Applications cliniques des Probiotiques et Prébiotiques en Gynécologie 
10.7. Applications cliniques des probiotiques et prébiotiques en immunologie Autoimmunité, Pneumologie, Vaccins 
10.8. Applications cliniques des Probiotiques et prébiotiques dans les maladies nutritionnelles. Obésité et troubles alimentaires. Métabolisme, malnutrition et malabsorption des nutriments 
10.9. Applications cliniques des Probiotiques et prébiotiques dans les maladies neurologiques. Santé mentale. Vieillesse 
10.10. Applications cliniques des Probiotiques et Prébiotiques chez les patients gravement malades. Cancer 
10.11. Les produits laitiers comme source naturelle de Probiotiques et de Prébiotiques. Laits fermentés

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