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Module 1. Microbiote. Microbiome. Métagénomique

1.1. Définition et relation entre Microbiote, Microbiome et Métagénomique
1.2. Composition du Microbiote: genres, espèces et souches

1.2.1. Groupes de micro-organismes qui interagissent avec l'espèce humaine: Bactéries, Champignons, Virus et Protozoaires
1.2.2. Concepts clés: symbiose, commensalisme, mutualisme, parasitisme
1.2.3. Microbiote autochtone

1.3. Différentes Microbiotes Humains. Généralités concernant leur eubiose et leur dysbiose

1.3.1. Microbiote Gastro-intestinal
1.3.2. Microbiote Oral
1.3.3. Microbiote de la Peau
1.3.4. Microbiote des Voies Respiratoires
1.3.5. Microbiote des Voies Urinaires
1.3.6. Microbiote de l'Appareil Reproducteur

1.4. Facteurs influençant l'équilibre et le déséquilibre du Microbiote

1.4.1. Régime alimentaire et mode de vie. Axe intestin-cerveau
1.4.2. Antibiothérapie
1.4.3. Interaction Épigénétique-Microbiote. Perturbateurs endocriniens
1.4.4. Probiotiques, Prébiotiques, Symbiotiques. Concepts et généralités
1.4.5. Transplantation fécale, avancées récentes

Module 2. Microbiote intestinal I. Homéostasie intestinale

2.1. Études du Microbiote intestinal

2.1.1. Projets MetaHIT, Meta-Biomed, MyNewGut, Human Microbiome Project

2.2. Composition du Microbiote

2.2.1. Microbiote protecteur (Lactobacillus, Bifidobacterium, Bacteroides)
2.2.2. Microbiote immunomodulateur (Enterococcus faecalis et Escherichia coli)
2.2.3. Microbiote muconutritif ou mucoprotecteur (Faecalibacterium prausnitzii et Akkermansia muciniphila)
2.2.4. Microbiote ayant des activités protéolytiques ou pro-inflammatoires (E. coli Biovare, Clostridium, Proteus, Pseudomonas, Enterobacter, Citrobacter, Klebsiella, Desulfovibrio, Bilophila)
2.2.5. Microbiote fongique (Candida, Geotrichum)

2.3. Physiologie du tube digestif. Composition du microbiote dans les différentes parties du tube digestif. La flore résidente et la flore transitoire ou colonisatrice. Zones stériles du tube digestif

2.3.1. Microbiote œsophagien

2.3.1.1. Individus sains
2.3.1.2. Patients (reflux gastrique, œsophage de Barrett, etc.)

2.3.2. Microbiote gastrique

2.3.2.1. Individus sains
2.3.2.2. Patients (ulcère gastrique, cancer gastrique, MALT, etc.)

2.3.3. Microbiote de la vésicule biliaire

2.3.3.1. Individus sains
2.3.3.2. Patients (cholécystite, cholélithiase, etc.)

2.3.4. Microbiote de l’intestin grêle

2.3.4.1. Individus sains
2.3.4.2. Patients (maladies inflammatoires de l'intestin, syndrome de l'intestin irritable, etc.)

2.3.5. Microbiote du côlon 

2.3.5.1. Personnes en bonne santé Entérotypes
2.3.5.2. Patients (maladies inflammatoires de l'intestin, maladie de Crohn, carcinome du côlon, appendicite, etc.)

2.4. Fonctions du Microbiote Intestinal: Métaboliques. Nutritionnelles et trophiques. Protecteur et barrière. Immunitaires

2.4.1. Interrelations entre le microbiote intestinal et les organes distants (cerveau, poumon, cœur, foie, pancréas, etc.)

2.5. Muqueuse intestinale et Système immunitaire de la muqueuse

2.5.1. Anatomie, caractéristiques et fonctions (système MALT, GALT et BALT)

2.6. Qu'est-ce que l'Homéostasie intestinale? Rôle des bactéries dans l'homéostasie intestinale

2.6.1. Effets sur la digestion et la nutrition
2.6.2. Stimulation des défenses empêchant la colonisation par des micro-organismes pathogènes
2.6.3. Production de vitamines des groupes B et K
2.6.4. Production d'acides gras à chaîne courte (butyrique, propionique, acétique, etc.)
2.6.5. Production de gaz (méthane, dioxyde de carbone, hydrogène moléculaire). Prorpiétes et fonctions
2.6.6. L’acide lactique

Module 3. Microbiote intestinal II. Dysbiose intestinale

3.1. Qu'est-ce que la Dysbiose intestinale? Conséquences
3.2. La barrière intestinale. La physiologie. Fonction. Perméabilité intestinale et hyperperméabilité intestinale. Relation entre la Dysbiose intestinale et l'Hyperperméabilité intestinale
3.3. Relation entre la Dysbiose intestinale et d'autres types de troubles: immunologiques, métaboliques, neurologiques et gastriques (Helicobacter Pylori)
3.4. Conséquences de l'altération de l'écosystème intestinal et sa relation avec les Troubles Digestifs Fonctionnels

3.4.1. Maladie inflammatoire de intestin (IBD)
3.4.2. Maladies inflammatoires chroniques de l'intestin: la maladie de Crohn Colite ulcéreuse
3.4.3. Syndrome du Côlon Irritable IBS et diveticulosis
3.4.4. Troubles de la motilité intestinale. Diarrhée. Diarrhée causée par Clostridium difficile. Constipation
3.4.5. Troubles digestifs et problèmes de malabsorption des nutriments: glucides, protéines et lipides
3.4.6. Marqueurs de l'inflammation intestinale: Calprotectine. Protéine éosinophile (Epx). Lactoferrine. Lysozyme
3.4.7. Le syndrome de l'intestin grêle. Marqueurs de perméabilité: Alpha 1 Antitrypsine. Zonulin. Les Tight Jonctions et leur principale fonction

3.5. Altération de l'écosystème intestinal et sa relation avec les infections intestinales

3.5.1. Infections intestinales virales
3.5.2. Infections intestinales bactériennes
3.5.3. Infections intestinales parasitaires
3.5.4. Infections fongiques intestinales. Candidose intestinale

3.6. Composition du Microbiote Intestinal à différentes étapes de la vie

3.6.1. Variation de la composition du Microbiote intestinal entre la période néonatale, la petite enfance et l'adolescence. "Stade instable"
3.6.2. Composition du Microbiote intestinal à différentes à l’âge adulte.. "Stade stable’’
3.6.3. Composition du Microbiote intestinal chez la personne âgée "Stade instable". Vieillissement et Microbiote

3.7. Modulation nutritionnelle de la dysbiose et de l'hyperperméabilité intestinales: Glutamine, Zinc, Vitamines, Probiotiques, Prébiotiques
3.8. Techniques d'analyse quantitative des microorganismes dans les fèces
3.9. Lignes de recherche actuelles

Module 4. Microbiote en Néonatologie et Pédiatrie

4.1. La symbiose mère-enfant
4.2. Facteurs d'influence sur le Microbiote intestinal de la mère au stade de la gestation et au moment de l'accouchement. Influence du type d'accouchement sur le Microbiote du nouveau-né
4.3. Type d'allaitement et sa durée, influence sur le Microbiote du nourrisson

4.3.1. Lait maternel: composition du Microbiote du lait maternel. Importance de l'allaitement maternel sur le Microbiote du nouveau-né
4.3.2. Alimentation artificielle Utilisation de Probiotiques et de Prébiotiques dans les préparations lactées pour nourrissons

4.4. Applications cliniques des probiotiques et prébiotiques chez le patient pédiatrique

4.4.1. Pathologies digestives: troubles digestifs fonctionnels, Diarrhée, Entérocolite nécrosante. Intolérances
4.4.2. Pathologies non digestives: respiratoires et ORL, maladies atopiques, métaboliques. Allergies

4.5. Influence du traitement par antibiotiques et autres psychotropes sur le Microbiote du nourisson
4.6. Lignes de recherche actuelles

Module 5. Microbiote oral et voies respiratoires

5.1. Structure et écosystèmes oraux

5.1.1. Principaux écosystèmes oraux
5.1.2. Points clés

5.2. Les principaux écosystèmes qui se différencient dans la cavité buccale. Caractéristiques et composition de chacun d'entre eux. Cavités nasales, Nasopharynx et Oropharynx

5.2.1. Caractéristiques anatomiques et histologiques de la cavité buccale
5.2.2. Les voies nasales
5.2.3. Nasopharynx et oropharynx

5.3. Altérations de l'écosystème microbien oral: dysbiose buccale. Relation avec différents états de pathologie orale

5.3.1. Caractéristiques de la Microbiote orale
5.3.2. Maladies buccales
5.3.3. Mesures recommandées pour réduire les processus dysbiotiques

5.4. Influence des agents externes dans l'Eubiose et la Dysbiose buccale. Hygiène

5.4.1. Influence des agents externes sur l'eubiose et la dysbiose
5.4.2. Symbiose et dysbiose buccale
5.4.3. Facteurs prédisposant à la dysbiose buccale

5.5. Structure de l’appareil respiratoire et composition du Microbiote et du Microbiome

5.5.1. Voies respiratoires supérieures
5.5.2. Voies respiratoires inférieures

5.6. Facteurs régulant le Microbiote respiratoire

5.6.1. Métagénomique
5.6.2. Hypothèse de l'hygiène
5.6.3. Viroma
5.6.4. Microbiome ou fongiome
5.6.5. Probiotiques dans l'asthme bronchique
5.6.6. Régime alimentaire
5.6.7. Prébiotiques
5.6.8. Translocation bactérienne

5.7. Altération du Microbiote de l’appareil respiratoire et sa relation avec différentes maladies de cet appareil

5.7.1. Pathogenèse et manifestations cliniques des infections des voies respiratoires supérieures
5.7.2. Pathogenèse et manifestations cliniques des infections des voies respiratoires inférieures

5.8. Manipulation thérapeutique du microbiome de la cavité buccale dans la prévention et le traitement des maladies qui lui sont liées

5.8.1. Définition de la probiotique, prébiotique et symbiotique
5.8.2. Application de probiotiques de la cavité buccale
5.8.3. Souches probiotiques utilisées dans la bouche
5.8.4. Action sur les maladies bucco-dentaires

5.9. Manipulation thérapeutique du microbiome de l’appareil respiratoire dans la prévention et le traitement des maladies qui lui sont liées

5.9.1. Efficacité des probiotiques dans le traitement des maladies des voies respiratoires: axe GI-respiratoire
5.9.2. Utilisation de probiotiques pour le traitement de la rhinosinusite
5.9.3. Utilisation de probiotiques pour le traitement de l'otite
5.9.4. Utilisation de probiotiques pour le traitement des infections des voies respiratoires supérieures
5.9.5. Utilisation de probiotiques dans la rhinite et l'asthme bronchique allergique
5.9.6. Probiotiques pour prévenir les infections des voies respiratoires inférieures
5.9.7. Études sur les lactobacilles
5.9.8. Études sur les bifidobactéries

5.10. Lignes de recherche actuelles et applications cliniques

5.10.1. Transfert de matières fécales
5.10.2. Extraction de l'acide nucléique
5.10.3. Méthode de séquençage
5.10.4. Stratégies de caractérisation du microbiote
5.10.5. Métataxonomie
5.10.6. Métataxonomie de la fraction active
5.10.7. Métagénomique
5.10.8. Métabolomique

Module 6. Microbiote et système immunitaire

6.1. Physiologie du système immunitaire

6.1.1. Composants du système Immunitaire

6.1.1.1. Tissu Lymphoïde
6.1.1.2. Cellules Immunitaires
6.1.1.3. Systèmes Chimiques

6.1.2. Organes impliqués dans l'immunité

6.1.2.1. Organes primaires
6.1.2.2. Organes secondaires

6.1.3. Immunité innée, non spécifique ou naturelle
6.1.4. Immunité acquise, adaptative ou spécifique

6.2. Nutrition et mode de vie
6.3. Aliments fonctionnels (probiotiques et prébiotiques), nutraceutiques et système immunitaire

6.3.1. Probiotiques, prébiotiques et symbiotiques
6.3.2. Nutraceutiques et aliments fonctionnels

6.4. Relation bidirectionnelle entre le Microbiote et le système neuro-immuno-endocrinien
6.5. Microbiote, Immunité et Troubles du Système Nerveux
6.6. Axe Microbiote-Intestin-Cerveau
6.7. Lignes de recherche actuelles

Module 7. Microbiote de la peau

7.1. Physiologie de la peau

7.1.1. Structure de la peau: épiderme, derme et hypoderme
7.1.2. Fonctions de la peau
7.1.3. Composition microbienne de la peau

7.2. Facteurs régulant le type de flore bactérienne de la peau

7.2.1. Glandes sudoripares, glandes sébacées, desquamation
7.2.2. Facteurs modifiant l'écologie de la peau et de son Microbiote

7.3. Système Immunitaire Cutané. Épiderme: élément essentiel de nos défenses

7.3.1. Épiderme: élément essentiel de nos défenses
7.3.2. Éléments du Système Immunitaire Cutané: Cytokines, Kératinocytes, Cellules Dendritiques, Lymphocytes, Peptides Antimicrobiens
7.3.3. Influence du Microbiote cutané sur le système immunitaire de la peau. Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus

7.4. Altération du Microbiote cutané normal (Dysbiose) et altération de la fonction barrière

7.4.1. Altération de la fonction de barrière

7.5. Pathologies cutanées déclenchées

7.5.1. Psoriasis (Streptococcus Pyogenes)
7.5.2. Acné vulgaire
7.5.3. Dermatite atopique
7.5.4. Rosacée

7.6. Influence de l'utilisation des Probiotiques dans la prévention et le traitement de différentes maladies de la peau
7.7. Lignes de recherche actuelles

Module 8. Microbiote des voies génito-urinaire

8.1. Physiologie de l’appareil génito-urinaire chez l’homme et la femme
8.2. Micro-organismes à l'origine d’infections génitourinaires

8.2.1. Bactéries entériques, généralement des bactéries aérobies gram-négatives: E. Coli, entérobactéries: Klebsiella ou Proteus mirabilis ou Pseudomonas aeruginosa
8.2.2. Bactéries à Gram positif: Staphylococcus saprophyticus, etc

8.3. Microbiote vaginal et sa modification avec l'âge

8.3.1. Pendant l’enfance
8.3.2. L’âge fertile
8.3.3. L'âge adulte (ménopause)

8.4. Altération de l'homéostasie vaginale et sa relation avec les pathologies infectieuses

8.4.1. Vaginites infectieuses

8.4.1.1. Chlamydiase
8.4.1.2. Vaginose bactérienne
8.4.1.3. Candidose vaginale
8.4.1.4. Vaginite à trichomonas
8.4.1.5. Vaginite virale

8.4.2. Vaginite non infectieuse

8.5. Probiotiques dans la prévention des principales infections de l'appareil génito-urinaire
8.6. Lignes de recherche actuelles

Module 9. Relation entre les intolérances/allergies et le microbiote

9.1. Modifications du microbiote chez les patients soumis à un régime d'exclusion alimentaire

9.1.1. Œsophagite Éosinophile (OeE)

9.2. Modification du Microbiote chez les patients suivant un régime d'exclusion alimentaire: intolérance aux produits laitiers (lactose, protéines du lait: caséines, albumines, autres)

9.2.1. Intolérants au lactose
9.2.2. Intolérants aux protéines laitières: caséines, albumines, etc
9.2.3. Allergiques au lait

9.3. Altération et rétablissement du Microbiote intestinal chez les patients souffrant d'intolérance au gluten et de maladie cœliaque

9.3.1. Altération du microbiote intestinal chez les patients présentant une intolérance au gluten
9.3.2. Altération du microbiote intestinal chez les patients cœliaques
9.3.3. Rôle des probiotiques et des prébiotiques dans le rétablissement du microbiote chez les patients intolérants au gluten et cœliaques

9.4. Microbiote et Amines Biogènes
9.5. Lignes de recherche actuelles

Module 10. Probiotiques, prébiotiques, Microbiote et santé

10.1. Probiotiques
10.2. Prébiotiques
10.3. Applications cliniques des Probiotiques et Prébiotiques en Gastro-entérologie
10.4. Applications cliniques en Endocrinologie et dans les troubles cardiovasculaires
10.5. Applications cliniques des Probiotiques et Prébiotiques en Urologie
10.6. Applications cliniques des Probiotiques et Prébiotiques en Gynécologie
10.7. Applications cliniques des Probiotiques et Prébiotiques en Immunologie
10.8. Applications cliniques des Probiotiques et Prébiotiques dans maladies nutritionnelles
10.9. Applications cliniques des Probiotiques et Prébiotiques dans maladies neurologiques
10.10. Applications cliniques des Probiotiques et Prébiotiques chez patients gravement malades
10.11. Produits laitiers comme source naturelle de Probiotiques et Prébiotiques

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