Diplôme universitaire
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Présentation
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La thrombose est une pathologie qui peut toucher tout le monde, quel que soit l'âge, et qui n'est pas souvent diagnostiquée et peut devenir une maladie grave. La détection précoce de la thrombose veineuse est essentielle pour traiter cette maladie et réduire les conséquences qu'elle peut avoir sur les patients. Il existe également des mesures préventives, comme les mesures physiques ou pharmacologiques.
Au cours du programme de Certificat avancé, l'étudiant se concentrera sur la Bio-informatique Appliquée à la Thromboembolie Veineuse, avec un programme conçu par des spécialistes dans ce domaine, de sorte que les étudiants recevront une formation complète et spécifique par des experts dans le domaine.
Ainsi, cette formation vise à établir les bases des connaissances dans ce domaine, en commençant par l'étude de la physiopathologie et de l'épidémiologie de la Maladie Thromboembolique Veineuse. Les données omiques seront également étudiées, ce qui permettra au spécialiste d'apprendre le langage de programmation R et les modèles prédictifs.
Ainsi, une fois avoir complété et réussi ce Certificat avancé, les étudiants auront acquis les connaissances théoriques nécessaires pour réaliser un traitement efficace de la thrombose veineuse dans les principaux domaines d'action du professionnel.
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Programme
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Module 1. Physiopathologie et épidémiologie de la Maladie Thromboembolique Veineuse
1.1. Introduction générale à la complexité et à l’impact clinique du MTEV
1.1.1. Introduction générale à la complexité
1.1.2. Impact clinique de la MTEV
1.2. Génération de thrombus pathologique
1.2.1. L’équilibre de l’hémostase
1.2.2. La rupture de l’équilibre (Triade Classique de Virchow) et ses conséquences
1.2.3. Fonction veineuse normale et pathologique
1.2.4. Rôle des feuillets veineux dans le thrombus pathologique
1.2.5. Rôle de l’endothélium vasculaire
1.2.6. Rôle des plaquettes et des polyphosphates
1.2.7. Rôle des pièges extracellulaires des neutrophiles (NET)
1.2.8. Rôle des microparticules circulantes
1.2.9. Processus inflammatoires locaux
1.2.10. Thrombose paranéoplasique (lien avec le Module 4)
1.2.11. Mécanisme et site de formation du thrombus
1.3. Classification et caractéristiques du MTEV en fonction des sites anatomiques
1.3.1. Localisation dans les extrémités inférieures
1.3.2. Localisation dans les extrémités superieures
1.3.3. Thromboembolie pulmonaire
1.3.4. Emplacements atypiques
1.3.4.1. Viscérales
1.3.4.2. Intracrâniennes
1.4. Classification des thromboses en fonction des circonstances associées
1.4.1. MTEV Spontanée vs. Secondaire
1.4.2. Facteurs de risque environnementaux (Tableau a)
1.4.3. Rôle de la race, de l’âge et du sexe
1.4.4. Rôle des dispositifs intravasculaires (cathéters intraveineux)
1.5. Séquelles de la MTEV
1.5.1. Syndrome post-thrombotique et thrombose résiduelle Relation avec la récurrence
1.5.2. Hypertension pulmonaire chronique
1.5.3. Mortalité à court et à long terme
1.5.4. La qualité de la vie
1.6. Impacts de la MTEV dans l’ensemble des maladies mondiales
1.6.1. Contribution à la charge globale de morbidité
1.6.2. Impact sur l’économique
1.7. Épidémiologie de la MTEV
1.7.1. Variables d’influence (âge, race, comorbidités, médicaments, facteurs saisonniers, etc.)
1.8. Risque et épidémiologie de la récidive thrombotique
1.8.1. Différence entre sexes
1.8.2. Différences selon les circonstances associées au premier épisode
1.9. Thrombophilie
1.9.1. Concept classique
1.9.2. Biomarqueurs biologiques de la thrombophilie
1.9.2.1. Génétiques
1.9.2.2. Plasma
1.9.2.3. Cellulaire
1.9.3. Examen de laboratoire de la thrombophilie
1.9.3.1. Débat sur son utilité
1.9.3.2. Anomalies classiques
1.9.3.3. Autres biomarqueurs ou phénotypes intermédiaires (Tableau b)
1.10. La thrombophilie en tant que concept de pathologie complexe et chronique
1.10.1. Complexité élevée (voir section 2.1)
1.10.2. Importance de la base génétique Concept d’héritabilité
1.10.3. Facteurs de risque génétiques connus (Tableau c) Relation avec les modules 7 et 8
1.10.4. L’héritabilité à découvrir
1.11. Profil de risque individuel
1.11.1. Concept
1.11.2. Composants permanents (génétiques)
1.11.3. Changement de circonstances
1.11.4. Des modèles mathématiques nouveaux et performants pour évaluer conjointement toutes les variables de risque (lien vers le Module 9)
Module 2. Données omiques: Introduction au langage de programmation R
2.1. Introduction de base au système d’exploitation d’exploitation UNIX/ Linux
2.1.1. Histoire et philosophie
2.1.2. Interprète de commandes (Shell)
2.1.3. Commandes de base Linux
2.1.4. Les traitements de texte
2.2. Gestion des fichiers UNIX/Linux
2.2.1. Système de fichiers
2.2.2. Utilisateurs et groupes
2.2.3. Permissions
2.3. Gestion des fichiers UNIX/Linux
2.3.1. Tâches (jobs)
2.3.2. Registres (logs)
2.3.3. Outils de suivi
2.3.4. Réseaux 5G
2.4. Introduction et caractéristiques de base de R
2.4.1. Qu’est-ce que R?
2.4.2. Premières étapes
2.4.2.1. Installation et interface graphique
2.4.2.2. Espace de travail (Workspace)
2.4.3. Extensions dans R
2.4.3.1. Paquets standard
2.4.3.2. Paquets standard, CRAN et Bioconductor
2.5. Types de données dans R
2.5.1. Vecteurs
2.5.2. Listes
2.5.3. Variables indexées (Arrays) et tableaux
2.5.4. Facteurs
2.5.5. Trames de données (Data Frames)
2.5.6. Strings de texte
2.5.7. Autres types de données
2.6. Gestion des données de R
2.6.1. Importation et exportation de données
2.6.2. Manipulation des données
2.6.2.1. Vecteurs
2.6.2.2. Matrices
2.6.2.3. Strings de texte
2.6.2.4. Fiches techniques
2.7. Fonctions de contrôle et boucles en R
2.7.1. Exécution conditionnelle: if
2.7.2. Cycles: For, Repeat, While
2.7.3. Les fonctions du type apply
2.8. Modèles statistique en R
2.8.1. Données univariées
2.8.2. Données multivariées
2.8.3. Test d’hypothèse
2.9. Représentations graphiques
2.9.1. Représentations basiques
2.9.2. Paramètres et éléments graphiques
2.9.3. Le paquet ggplot2
2.10. Définition des fonctions dans R
2.10.1. Exemples simples
2.10.2. Arguments et valeurs par défaut
2.10.3. Affectations au sein des fonctions
Module 3. Modélisation prédictive
3.1. Apprentissage statistique
3.1.1. Estimation de f
3.1.2. Apprentissage supervisé et non supervisé
3.1.3. Problèmes de régression et de classification
3.1.4. Modèles linéaires et non linéaires
3.2. Prétraitement des données
3.2.1. Normalisation
3.2.2. Imputabilité
3.2.3. Valeurs atypiques (Outliers)
3.3. Régression linéaire
3.3.1. Modèles linéaires
3.3.2. Analyse de la variance (ANOVA)
3.3.3. Modèles à effets mixtes
3.4. Classification
3.4.1. Régression logistique
3.4.2. Analyse discriminante linéaire
3.4.3. K voisins les plus proches (KNN)
3.5. Méthodes de rééchantillonnage
3.5.1. Validation croisée
3.5.1.1. Ensemble de validation ou test
3.5.1.2. Validation croisée en laissant un de côté (Leave One Out)
3.5.1.3. Validation croisée de k itérations (k-Fold)
3.5.2. Bootstrap
3.6. Sélection de modèles linéaires
3.6.1. Comparaison des modèles imbriqués
3.6.2. Algorithmes Stepwise
3.6.3. Diagnostic de modèles linéaires
3.7. Régularisation
3.7.1. La malédiction de la dimension
3.7.2. Régression en composantes principales
3.7.3. Régression par moindres carrés partiels
3.7.4. Méthodes de Shrinkage
3.7.4.1. Régression Ridge
3.7.4.2. Lasso
3.8. Méthodes basées sur les arbres de décision
3.8.1. Introduction aux arbres de décision
3.8.2. Types d’arbres de décision
3.8.2.1. Bagging
3.8.2.2. Forêts aléatoires (Random Forests)
3.8.2.3. Boosting
3.9. Machines à vecteurs de support
3.9.1. Classificateurs à marge maximale
3.9.2. Machines à vecteurs de support
3.9.3. Réglage des hyperparamètres
3.10. Apprentissage non supervisé
3.10.1. Analyse en composantes principales
3.10.2. Méthodes de regroupement (Clustering)
3.10.2.1. Classification k-medias (K-means)
3.10.2.2. Regroupement hiérarchique
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Certificat Avancé en Bio-informatique Appliquée à la Thromboembolie Veineuse
La bio-informatique est un outil clé dans l'étude de la maladie thromboembolique veineuse, une pathologie qui cause chaque année un grand nombre de décès dans le monde. La complexité de cette maladie nécessite une approche interdisciplinaire impliquant la génétique, la biologie moléculaire, la physiologie et l'informatique afin d'optimiser son diagnostic et son traitement. Il est donc essentiel pour les spécialistes de se tenir continuellement à jour dans ce domaine, afin d'être à la pointe de la médecine. Pour cette raison, TECH a développé le Certificat Avancé en Bio-informatique Appliquée à la Thromboembolie Veineuse, entièrement axé sur la mise à jour dans ce domaine. De même, les connaissances acquises grâce à ce diplôme seront pleinement applicables dans votre pratique clinique quotidienne, enrichissant ainsi votre performance professionnelle.
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