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Le Microbiote Intestinal est composé de micro-organismes tels que des bactéries, des virus, des champignons et même des parasites. Il contribue à des processus tels que la digestion, la maturation du tube digestif, le développement des défenses et du système immunitaire. Dans ce sens, de plus en plus d'études montrent l'importance d'en prendre soin et de travailler sur la base de sa composition pour déterminer des diagnostics et des traitements pour de multiples maladies.

Ce Certificat avancé se propose d'étudier en 3 modules les aspects qu'il est indispensable de connaître pour maîtriser les critères les plus actuels en matière de Microbiote Intestinal en Soins Infirmiers. Ainsi, les facteurs qui influencent l'équilibre et le déséquilibre du microbiote, sa composition et les généralités concernant son Eubiose et sa Dysbiose seront abordés.

De même, la physiologie du tube digestif et la composition du Microbiote dans les différentes parties du tube digestif seront précisées. La Flore résidente et transitoire, ainsi que la composition du Microbiote Intestinal aux différents âges de la vie. De même, au cours de l'étude de ce programme, l'étudiant sera initié aux techniques d'analyse quantitative des micro-organismes dans les fèces, à l'Homéostasie Intestinale et, bien sûr, aux fonctions du microbiote intestinal, depuis les fonctions Métaboliques, Nutritionnelles et Trophiques jusqu'aux fonctions de Protection et de Barrière Immunitaire.

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Module 1. Microbiote. Microbiome Métagénomique

1.1. Définition et relation entre Microbiote, Microbiome et Métagénomique
1.2. Composition du Microbiote: genres, espèces et souches

1.2.1. Groupes de micro-organismes qui interagissent avec l'espèce humaine : Bactéries, Champignons, Virus et Protozoaires 
1.2.2. Concepts clés: symbiose, commensalisme, mutualisme, parasitisme 
1.2.3. Microbiote autochtone 

1.3. Différentes Microbiotes Humains. Généralités concernant leur eubiose et leur dysbiose

1.3.1. Microbiote Gastro-intestinal
1.3.2. Microbiote Oral
1.3.3. Microbiote de la Peau
1.3.4. Microbiote des Voies Respiratoires
1.3.5. Microbiote des Voies Urinaires
1.3.6. Microbiote de l'appareil reproducteur

1.4. Facteurs influençant l'équilibre et le déséquilibre du Microbiote

1.4.1. Régime alimentaire et mode de vie. Axe intestin-cerveau
1.4.2. Antibiothérapie
1.4.3. Interaction Épigénétique-Microbiote Perturbateurs endocriniens
1.4.4. Probiotiques, Prébiotiques, Symbiotiques. Concepts et généralités
1.4.5. Transplantation fécale, avancées récentes

Module 2. Microbiote intestinal I. Homéostasie Intestinale 

2.1. Études du Microbiote intestinal

2.1.1. Projets MetaHIT, Meta-Biomed, MyNewGut, Human Microbiome Project

2.2. Composition du Microbiote

2.2.1. Microbiote protecteur (Lactobacillus, Bifidobacterium, Bacteroides)
2.2.2. Microbiote immunomodulateur (Enterococcus faecalis et Escherichia coli)
2.2.3. Microbiote Muconutritif ou Mucoprotecteur (Faecalibacterium prausnitzii et Akkermansia muciniphila)
2.2.4. Microbiote ayant des activités protéolytiques ou pro-inflammatoires (E. coli Biovare, Clostridium, Proteus, Pseudomonas, Enterobacter, Citrobacter, Klebsiella, Desulfovibrio, Bilophila)
2.2.5. Microbiote fongique (Candida, Geotrichum)

2.3. Physiologie du tube digestif. Composition du microbiote dans les différentes parties du tube digestif La flore résidente et la flore transitoire ou colonisatrice. Zones stériles du tube digestif

2.3.1. Microbiote œsophagien

2.3.1.1. Individus sains
2.3.1.2. Patients (reflux gastrique, œsophage de Barrett, etc.)

2.3.2. Microbiote gastrique

2.3.2.1. Individus sains
2.3.2.2. Patients (ulcère gastrique, cancer gastrique, MALT, etc.)

2.3.3. Microbiote de la vésicule biliaire

2.3.3.1. Individus sains
2.3.3.2. Patients (cholécystite, cholélithiase, etc.)

2.3.4. Microbiote de l’intestin grêle

2.3.4.1. Individus sains
2.3.4.2. Patients (maladies inflammatoires de l'intestin, syndrome de l'intestin irritable, etc.)

2.3.5. Microbiote du côlon

2.3.5.1. Personnes en bonne santé Entérotypes
2.3.5.2. Patients (maladies inflammatoires de l'intestin, maladie de Crohn, carcinome du côlon, appendicite, etc.)

2.4. Fonctions du Microbiote Intestinal: Métabolique. Nutritionnelles et trophiques Protecteur et barrière. Immunitaires

2.4.1. Interrelations entre le microbiote intestinal et les organes distants (cerveau, poumon, cœur, foie, pancréas, etc.)

2.5. Muqueuse intestinale et système immunitaire de la muqueuse

2.5.1. Anatomie, caractéristiques et fonctions (système MALT, GALT et BALT)

2.6. Qu'est-ce que l'Homéostasie intestinale ? Quel est le rôle des bactéries dans l'homéostasie intestinale

2.6.1. Effets sur la digestion et la nutrition
2.6.2. Stimulation des défenses empêchant la colonisation par des micro-organismes pathogènes
2.6.3. Production de vitamines des groupes B et K
2.6.4. Production d'acides gras à chaîne courte (butyrique, propionique, acétique, etc.)
2.6.5. Production de gaz (méthane, dioxyde de carbone, hydrogène moléculaire) Prorpiétes et fonctions
2.6.6. L’acide lactique

Module 3. Microbiote intestinal Dysbiose intestinale 

3.1. Qu'est-ce que la Dysbiose Intestinale ? Conséquences
3.2. La barrière intestinale. La physiologie. Fonction. Perméabilité intestinale et hyperperméabilité intestinale. Relation entre la Dysbiose intestinale et l'Hyperperméabilité intestinale
3.3. Relation entre la Dysbiose intestinale et d'autres types de troubles: immunologiques, métaboliques, neurologiques et gastriques (Helicobacter Pylori)
3.4. Conséquences de l'altération de l'écosystème intestinal et sa relation avec les Troubles Digestifs Fonctionnels

3.4.1. Maladie inflammatoire de intestin (IBD)
3.4.2. Maladies inflammatoires chroniques de l'intestin: la maladie de Crohn Colite ulcéreuse
3.4.3. Syndrome du Côlon Irritable IBS et Diveticulosis
3.4.4. Troubles de la motilité intestinale. Diarrhée Diarrhée causée par Clostridium difficile. Constipation
3.4.5. Troubles digestifs et problèmes de malabsorption des nutriments: glucides, protéines et lipides
3.4.6. Marqueurs de l'inflammation intestinale : Calprotectine. Protéine éosinophile (Epx). Lactoferrine. Lysozyme
3.4.7. Le syndrome de l'intestin grêle. Marqueurs de perméabilité: Alpha 1 Antitrypsine. Zonulin. Les Tight Jonctions et leur principale fonction

3.5. Altération de l'écosystème intestinal et sa relation avec les infections intestinales

3.5.1. Infections intestinales virales
3.5.2. Infections intestinales bactériennes
3.5.3. Infections intestinales parasitaires
3.5.4. Infections fongiques intestinales. Candidose intestinale

3.6. Composition du Microbiote Intestinal à différentes étapes de la vie

3.6.1. Variation de la composition du Microbiote Intestinal depuis la période néonatale à l'adolescence "Stade instable"
3.6.2. Composition du Microbiote Intestinal à différentes étapes de la vie. "Stade instable’’
3.6.3. Composition du Microbiote intestinal chez la personne âgée "Stade instable" Vieillissement et Microbiote

3.7. Modulation nutritionnelle de la dysbiose et de l'hyperperméabilité intestinales: Glutamine, Zinc, Vitamines, Probiotiques, Prébiotiques
3.8. Techniques d'analyse quantitative des microorganismes dans les fèces
3.9. Lignes de recherche actuelles 

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